bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No ...

问题

artic(conda安装)对新冠三代扩增子数据进行分析,但是运行artic minion流程时,调用bcftools出错,内容如下:

bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory

资料搜索

gsl是c语言编写的与计算有关的数据库。

conda安装bcftools时,可能启用参数--enable-libgsl。但是本地服务器不存在该库,所以产生报错。摘自链接

查看动态库:

$ ldconfig -p | grep libgsl
    libgslcblas.so.0 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so.0
    libgslcblas.so (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so
    libgsl.so.23 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23
    libgsl.so (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so

上述结果可见,动态库中只有libgsl.so.23,缺少libgsl.so.25。

解决办法

下载和安装gsl:

wget https://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz
tar -zxvf gsl-2.6.tar.gz
cd gsl-2.6
mkdir /usr/local/bin/gsl_2.6
./configure --prefix=/usr/local/bin/gsl_2.6   # 指定安装路径
make
make install

确认安装的动态库版本:

$ cd /usr/local/bin/gsl_2.6/lib
$ ls
libgsl.a       libgslcblas.la  libgslcblas.so.0      libgsl.la  libgsl.so.25      pkgconfig
libgslcblas.a  libgslcblas.so  libgslcblas.so.0.0.0  libgsl.so  libgsl.so.25.0.0

配置/etc/ld.so.conf,添加刚才安装的动态库路径:

/usr/local/bin/gsl_2.6/lib

执行命令:

$ ldconfig      # 更新动态库
$ ldconfig -p | grep libgsl
    libgslcblas.so.0 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so.0
    libgslcblas.so.0 (libc6,x86-64) => /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgslcblas.so.0
    libgslcblas.so (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so
    libgslcblas.so (libc6,x86-64) => /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgslcblas.so
    libgsl.so.25 (libc6,x86-64) => /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgsl.so.25
    libgsl.so.23 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23
    libgsl.so (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so
    libgsl.so (libc6,x86-64) => /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgsl.so

补充

上述操作后,出现新的问题:

bcftools: symbol lookup error: /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgsl.so.25: undefined symbol: cblas ctrmy

解决办法:libgsl.so.25链接已有的/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23:

sudo ln -s /lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23  /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgsl.so.25 -f

参考资料

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