一：如果是owl文件，需要先转换成rdf文件（df2rdf）
- 安装rdf2rdf包，文件已上传文件管理器： https://zcity.mgi-tech.com/fb/files/tool/java/
- 下载完成后，把这个插件和你的owl文件放在同一个文件夹下（只是为了方便不写绝对路径而已），执行如下命令：（假设我需要转换的是wj.owl文件，下载的插件为rdf2rdf-1.0.2-2.3.1.jar），终端在该文件目录下打开。该jar包需要在java在1.8环境下执行
java -jar rdf2rdf-1.0.2-2.3.1.jar wj.owl wj.rdf
这样你就能得到一个rdf文件
二：导入rdf文件，需要给neo4j安装一个组件neosemantics
- neosemantics和neo4j版本需要对应一致，到该网址查看： https://github.com/neo4j-labs/neosemantics/releases
- 下载好neosemantics后，把该文件放到neo4j目录下的plugins下面，去配置conf。
# 高版本使用上面这句配置（4.0版本之后）
dbms.unmanaged_extension_classes=n10s.endpoint=/rdf
# 低版本使用上面这句配置（4.0版本之前）
dbms.unmanaged_extension_classes=semantics.extension=/rdf
- 配置完后保存退出并重启neo4j，并在neo4j浏览器中输入命令查看是否成功
call dbms.procedures()
-
出现以下内容便是成功了
image.png
三：导入RDF文件
- 图初始化，这一步必须有，没有就导不进去
call n10s.graphconfig.init();
- 这一步可能也要，如果报错了的话也不用担心直接执行下一步，避免重复加入
CREATE CONSTRAINT n10s_unique_uri ON (r:Resource) ASSERT r.uri IS UNIQUE;
- 导入数据
call n10s.rdf.import.fetch( "file:////home/neo4j-chs-community-4.4.18-unix/wj.rdf", "RDF/XML");
- 导入成功，neo4j会出现数据。但是数据标签，节点，关系会默认添加ns0__,owl_,rdf_等前缀，可以处理一下
四：处理数据前缀
1.uri显示前有地址，可我们只想要名称
MATCH (n)
SET n.uri = REPLACE(n.uri, 'http://purl.obolibrary.org/obo/go#', '')
RETURN n
- 关系前缀ns__,owl__,语句替换出现问题，用python进行处理
from py2neo import Graph
# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://0.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxx"))
# 查询所有关系类型
relationship_types_query = "CALL db.relationshipTypes() YIELD relationshipType RETURN relationshipType"
relationship_types = graph.run(relationship_types_query).to_data_frame()
# 遍历所有关系类型，去掉 'ns0' 前缀并更新关系名称
for index, row in relationship_types.iterrows():
old_type = row['relationshipType']
if old_type.startswith("ns0__"):
new_type = old_type[len("ns0__"):].replace("“","").replace("”","")
update_query = f"""
MATCH (a)-[r:{old_type}]->(b)
CREATE (a)-[r_new:{new_type}]->(b)
SET r_new = r
WITH r
DELETE r
"""
graph.run(update_query)
- 属性前缀处理
from py2neo import Graph
# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://000.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxx"))
# 创建 NodeMatcher 实例
matcher = NodeMatcher(graph)
nodes = matcher.match()
# 遍历属性查找符合条件的并修改
for node in nodes:
for key in list(node.keys()):
if key.startswith('ns0__'):
new_key = key[len("ns0__"):]
node[new_key] = node[key]
del node[key]
graph.push(node)
- 标签前缀处理
from py2neo import Graph
# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://000.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxxx"))
# 查询所有节点及其标签
query = "MATCH (n) RETURN n"
result = graph.run(query)
# 遍历所有节点
for record in result:
node = record["n"]
labels = node.labels
# 删除所有标签中的ns0__字符
for label in labels:
if "ns0__" in label:
print(label)
new_label=label.replace("ns0__", "")
node.add_label(new_label)
node.remove_label(label)
graph.push(node)
