Pemberton J . 2008. Wild pedigrees: the way forward. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 275(1635): 613–621.
SSR
微卫星是多年来推断亲缘关系常用的标记（Parker et al. 1998; Jones＆Ardren 2003）。它具有其他标记类型不具备的特点：单座位信息，共显性，由于低频下的许多等位基因导致的高变异性，通过自动化的高通量潜力和适于对从野生种群获得的法医样品的分析的短DNA片段。识别新物种的微卫星标记是通过从头发现或利用其跨物种效用。现在通常获得用于亲本分析的基因型只是时间和金钱的问题。
【缺点】有时，微卫星很难找到或者多态性差。基因分型易于发生突变（分型错误），且有明显比例的基因座具有分离无效等位基因（Dakin＆Avise 2004），所有这些都可能引起假亲本排除。影响长期研究的技术问题是微卫星等位基因大小在检测平台之间变化。SNP
未来，单核苷酸多态性（SNPs）可能常用于自然种群的谱系重建。 虽然与微型卫星相比信息量少得多，但它们存在大量数据，并且与微型卫星相比潜在的误差更小。 因此，识别个体和亲本的能力可能非常高（Anderson＆Garza 2006）。 目前已经为动物和人类开发了单核苷酸多态性的panel，并且研究证实了它们与标准微卫星相比的有用性（例如Phillips等人2007; Rohrer等人2007）。
Berger-Wolf T Y, Sheikh S I, DasGupta B, et al. 2007. Reconstructing sibling relationships in wild populations. Bioinformatics, 23(13).
与显性标记如AFLP和ISSR不同，微卫星等位基因是共显性的，因此每个基因座的基因型和等位基因频率的推断是直接的。 对于不受大规模基因组计划影响的物种，SNPs的开发比微卫星开发更加困难和昂贵。 更重要的是，识别相关个体的能力主要取决于每个基因座的等位基因数及其杂合度，微卫星在两个方面明显优于其他标记，5-20等位基因和杂合度> 0.700是典型的，如 许多野生种群。
Trong T Q, van Bers N, Crooijmans R, et al. 2013. A comparison of microsatellites and SNPs in parental assignment in the GIFT strain of Nile tilapia (Oreochromis niloticus): The power of exclusion. Aquaculture, 388–391(1): 14–23.
然而，微卫星对基因分型误差也很敏感，特别是在自动多重系统中（Pompanon et al，2005）。 近年来，单核苷酸多态性（SNP）越来越受欢迎（Anderson和Garza，2006; Hauser等，2011; Jones et al，2010; Pemberton，2008）。 主要原因是高通量筛选，低错误率（<0.1％）和实验室与微卫星相比标准化更容易和更便宜的事实（Anderson和Garza，2006）。 SNP是双等位基因，与多等位基因微卫星相比，它们具有较低的分辨能力。 然而，这可以通过对更多数量的标记物进行基因分型来补偿（Haasl和Payseur，2011; Hess等人，2011; Wang和Santure，2009）。
