一、前言
峰峦图是核密度估计图的变种，主要用于展示多数据系列的核密度估计图。
1.1 示例文献
文献来源
原始图片
二、R包
本期使用的R包：
- tidyverse：万金油包；
- ggridges：绘制峰峦图；
- ggsci：提供绘图颜色;
- gWQS包：提供演示数据。
library(tidyverse)
library(ggridges)
library(ggsci)
三、演示数据
演示数据简介：gWQS包中有一个内置数据集，内置数据集的名称叫wqs_data，wqs_data数据集有34种多环芳烃暴露数据、25种邻苯二甲酸酯暴露数据和其他类型数据。
本期仅使用wqs_data数据集的前5种多环芳烃暴露数据和性别。
# PCBs name
PCBs_name <- c("LBX074LA","LBX099LA","LBX105LA","LBX118LA","LBX138LA")
# get the first 5 PCBs exposure data and sex
PCBs <- wqs_data[c(PCBs_name,"sex")]
# get PCBs' absolute value
PCBs[PCBs_name] <- abs(PCBs[PCBs_name])
# view PCBs data
head(PCBs)
四、R语言实现
# draw plot
ggplot()+
# geometric layer
geom_density_ridges_gradient(data=PCBs,mapping=aes(x=LBX074LA,y=sex,fill=sex))+
# visual mapping
scale_fill_manual(name="Sex",labels=c("Male","Female"),values=pal_npg("nrc")(10))+
# coordinate adjustment
scale_y_discrete(name="Sex",labels=c("Male","Female"))+
# theme adjustment
theme_light()+
theme(axis.text=element_text(color="black"),
legend.position="top",
legend.direction="horizontal")
五、结果解读
NHANES数据库中多环芳烃的编码与对应名称。
| 编码 | 多环芳烃 |
|---|---|
| LBX074LA | PCB74 |
| LBX099LA | PCB99 |
| LBX105LA | PCB105 |
| LBX118LA | PCB118 |
| LBX138LA | PCB138 |
PCB74在男性和女性尿液中的分布均属于右偏型分布。
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