samtools view [options] input.file
input.file: 可以是sam、bam、或者其他相关格式，输入文件的格式会被自动检测
- 默认输出内容为文件的
record部分
- 默认输出到
标准输出
options:
-b: 输出为bam格式，默认输出为sam格式
-h: 连同header一起输出，默认是不输出header的
-H: 仅输出header
-O: 后面跟SAM、BAM，限制输出文件格式为相应格式
-@: 后面跟正整数，表示增加用来分析的线程数
使用一 : 以文本格式查看文件的record
samtools view input.sam: 以文本格式查看sam文件的record
samtools view input.bam: 以文本格式查看bam文件的record
使用二 : 以文本格式仅查看文件的header
samtools view -H input.sam: 以文本格式仅查看sam文件的header
samtools view -H input.bam: 以文本格式仅查看bam文件的header
使用三 : sam ---> bam
samtools view -b input.sam > output.bam
samtools view -O BAM input.sam > output.bam
这种情况下，不必使用-h参数，生成的bam文件中会自动带有之前文件中的header
使用四 : bam ---> sam
samtools view -h input.bam > output.sam
使用五 : 查看匹配到某一染色或某一染色体某一段的序列
samtools index -o sorted.bam input.sam: 以默认模式对bam文件建立索引
samtools view sorted.bam chromosome: 查看匹配到某一染色体的序列
samtools view sorted.bam chromosome:number_1: 查看匹配位置包含某一染色体上某一位点的序列
samtools view sorted.bam chromosome:number_1-number_2: 查看匹配位置与某一染色体上某一序列有交集的序列
帮助文档：
samtools view
