王含见战败，忙烧毁了营帐，连夜逃窜。晋明帝司马绍回到皇宫中，大赦天下，惟有王敦的党羽不在赦免之列，命令庾亮、苏峻等人追袭逃到吴兴的沈充；温峤、刘遐等人追击逃亡江宁的王含、钱凤；又分别命令各位将领追捕王敦死党。
王含准备逃奔荆州投奔王舒，王应说：“我们不如去江州。”
王含说：“大将军王敦以前与江州王彬的关系怎么样，你难道不知道吗，居然想到那里去？”
王应说：“这正是我们应该去的理由，江州的王彬在他人强盛的时候，敢于坚持不同的立场，这不是一般人能比得上的，现在看到他人遭受困厄，他也必定会有恻隐之心。而荆州的王舒循规蹈矩，哪里能超出常规行事呢！”
王含嗤之以鼻，王应只好随他逃奔到荆州。
王舒派军队相迎，随后将王含、王应父子沉入江中溺死。王彬听说王应要来，秘密准备小船等候，王应却没来，王彬为此深感遗憾。
钱凤逃到阖庐州，被周光抓住了斩首，随后周光向朝廷请求赎罪。
沈充当初跟着王敦谋反之时，曾杀了部将张茂及其三个儿子，张茂的妻子陆氏，听说沈充要逃回吴兴，散尽家财，召集了张茂的旧部，在途中守候沈充，准备抓住沈充剐了为夫报仇。
沈充听说了这个消息，不敢回去，绕道而行，竟然误入故将吴儒的家里。吴儒笑着说：“我可以被封为三千户侯了！”沈充说：“你如果顾念往日情义保全我，我家必定会重重报答你，你如果为了私利杀我，我死以后，你的家族也将会灭绝。”
吴儒没有理他，还是杀死了沈充，并将他的首级送到建康，至此，王敦的党羽全部平定。沈充的儿子沈劲应当连坐受诛，同乡钱举把他藏匿起来，因此得以幸免，后来，沈劲果然灭绝了吴氏全族。
周抚和邓岳一起逃亡，周光想放过自己的兄长，只将邓岳抓获，周抚愤怒地说：“我和邓岳一起逃亡，你为什么不先杀我！”恰巧邓岳到来，周抚出门对他大喊：“你还不赶快离开，现在有人连亲骨肉都想加害，何况是他人呢！”
邓岳连忙掉转船头而逃，后来与周抚共同隐匿在西阳蛮中，第二年，司马绍下诏赦免王敦的门党后，周抚、邓岳出来自首，得以免去一死，但是被禁锢起来。
有关部门向司马绍禀告说：“叛贼王敦的亲族王彬等人，都应该革职除名。”
司马绍说：“司徒王导大义灭亲，我都准备宽宥他与王敦的兄弟身份，何况王彬等人也还是王导的近亲呢！”于是全部不加查问，随后又任命王导为太保，以特殊礼仪相待。
司马绍又追赠在王敦之乱中被害的司马承、戴渊、周顗、王澄等人官职。
周札的旧部下为周札申辩冤屈，尚书卞壶说：“周札守卫石头城，竟然开门接纳敌寇，不应当追赠他。”
司徒王导则说：“往年的时候，王敦的叛逆行为并不明显，即使我们这些有识之士都未能察觉，与周札也没有什么不同。发现到王敦的叛逆行为后，周札便为国献身，不久导致被杀，我认为应当与周顗、戴渊同等对待。”
郗鉴不同意，说：“周顗、戴渊他们是因为守节而死，周札引敌寇入城，如果形式不同而赏赐均等，怎么能劝善阻恶！如果按照司徒的理论，说往年即使是有识之士都与周札没有区别，那么司马承、周顗、戴渊他们都应该承受罪责，又有什么理由追赠谥号！现在既然褒扬他们，那么周札当然应该受到贬责了！”
王导坚持说：“周札和司马承他们，虽然表现形式不同，但都是尽人臣的节操。”
郗鉴驳斥道：“王敦叛乱，本来相持很久不能入城，因为周札为他打开城门，才使朝廷军队遭到失败。如果王敦过去的所作所为，在道义上与齐桓公、晋文公相似，那么先帝不就成了周幽王、周厉王那样的残暴之君了吗！”
朝臣们都被郗鉴的一番话说得不敢出声，但出于安抚江南门阀的需要，司马绍最终还是采纳了王导的意见，追封周札为卫尉官衔。
一次，王导和温峤一起谒见司马绍，司马绍问温峤，前代能统一天下的原因是什么。温峤还没有回答，王导说：“温峤年轻，还不熟悉这一段的事情，请允许老臣为陛下说明。”
王导就从司马懿开始创业之初，诛杀有名望的家族，宠信并栽培赞成自己的人开始一一述说，以及晋文帝司马昭后来诛杀高贵乡公曹髦的事情。司马绍听完后，羞愧地掩面倒在床上说：“如果像您说的那样，晋朝的天下又怎么能长久呢！”
晋明帝司马绍聪慧过人，年幼的时候就留下了“举目见日不见长安”的典故，他遇事有决断，尤其明白事理，虽然在位期间兵乱连年，饥荒不断，国事艰难，权臣王敦挟兵威而震慑人主，他始终能虚与委蛇、潜心谋划，所以最后终能以弱制强肃清大凶。
司马绍也算是一代明主，只是在王敦之乱平定后没有多久，年仅二十七岁的他就因病重离开人世，临终前留下遗命让王导、郗鉴、庾亮、温峤等共同辅佐太子。
五岁的皇太子司马衍即皇帝位，群臣进献国玺时，司徒王导因为生病未到，卞壶在朝上生气地说：“王公难道不是关系国家安危的大臣吗？先帝的灵柩尚未安葬，即位的皇帝还未登基，这难道是臣子以有病为由辞谢不到的时候吗！”
王导听说后，连忙抱病登车赶到，随后司马衍即天子位，大赦天下，尊庾皇后为皇太后。因为皇帝年幼，太后临朝听政，任命王导录尚书事，和庾亮、卞壶共同辅佐朝政。由于庾亮是太后的亲哥哥，所以政事基本上都由庾亮来裁决。
