LiftOver 千人基因组(可选) 坐标转换

Liftover在线版

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

Liftover本地版(支持bed和gff文件)

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

chain文件​

** Download Ensembl chain files**

Download UCSC chain files****​

11.png
##需求hg19转化成hg18版本
 gunzip hg19ToHg38.over.chain.gz  #解压chain文件
/home/soft/liftOver /home/data/all.mp.hg19.bed /home/soft/hg19ToHg38.over.chain all.mp.hg19tohg38.bed unmapped
#liftOver [1] [2] [3] [4] 
#[1] 需要转换的文件
#[2] chain文件
#[3] 转换后的文件
#[4] 转换不成功的部分
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