根结理论说明了经气活动的上下联系，强调以四肢末端为出发点，着重于经络之气循行的根源与根结。这与十二经脉的起止点不完全相同，与营气运行的流注方向也有差异，而与五输穴的排列方向一致。可以说，这是经气运行的重要形式，强调四肢腧穴对于头身的重要作用。《内经》中多篇有类似这种流注形式的记载。马王堆汉墓出土的《脉书》在叙述经脉循行方面与此论述相一致。可见根结和标本等理论是早期《脉书》的发展。
根结理论指出了四肢末端的腧穴对头身疾病的重要治疗作用。根结理论，窦汉卿归纳为“四根三结”，突出了手三阴结于“胸”，足三阴结于“腹”，手足三阳结于“头的关系。临床上对头、胸、腹方面的病症，治疗时可以选取四肢部以“井穴”为代表的有关穴位，又可将“根部”与“结部”相配合取穴。如《肘后歌》说的“头面之疾针至阴”“顶头心痛眼不开，涌泉下针定安泰”。《针灸大成》中还有专用井穴治疗多种病症的记载。如少商治疗咽喉肿痛、咳嗽、气喘；少泽治乳少；中冲治厥证；大敦治疝气等。临床上还有取商阳配迎香主治齿痛、颈肿和鼻塞鼽衄；头临泣配厉兑主治目痛流泪、腹胀和梦靥，隐白配大包主治崩漏、癫狂和胸胁疼痛，瞳子髎配足窍阴主治头痛、目疾、耳鸣耳聋等，均是根部井穴与头、胸、腹三结的有关腧穴配用的“两级对应配穴法”。
