目录

1. 前言
2. 方法简介
3. 从vcf文件里提取有用信息
4. tidy vcfR
5. vcf可视化1
6. vcf可视化2
7. 测序深度覆盖度
8. 窗口缩放
9. 如何单独分离染色体
10. 利用vcf信息判断物种染色体倍数
11. CNV分析

从参照序列提取单独染色体

会用到ape包，这里以提取染色体"Supercontig_1.1"为例。

library(ape)
dna <- read.dna("pinf_super_contigs.fa", format = "fasta")
dna2 <- dna[ grep( "Supercontig_1.1 ", names(dna) ) ]
names(dna2) <- "Supercontig_1.1"
dna2 <- as.matrix(dna2)

注意一下，此处用了names()函数来重命名染色体。

从注释文件提取染色体

提取注释文件的信息其实也很简单。

gff <- read.table('gff_file.gff', sep="\t", quote="")
gff2 <- gff[grep("Supercontig_1.1", gff[,1]),]

从vcf文件提取染色体

注意，不是在R里完成的。需要在Terminal里进行。windows用户可以用vcftools。

grep "^#" my_variants.vcf > header.vcf # Meta
grep "^Supercontig_1.1" my_variants.vcf > tmp.vcf # Body
cat header.vcf tmp.vcf > sc1.vcf.gz

如果使用的是压缩文件的话，

zgrep "^#" my_variants.vcf.gz | gzip -c > header.vcf.gz # Meta
zgrep "^Supercontig_1.1" my_variants.vcf.gz > tmp.vcf.gz # Body
zcat header.vcf.gz tmp.vcf.gz | gzip -c > sc1.vcf.gz

可以解决问题。

使用vcfR

然后按照之前介绍的方法进行分析，可视化。

library(vcfR)
vcf <- read.vcfR("sc1.vcf")
chrom <- create.chromR(name='Supercontig', vcf=vcf, seq=dna2, ann=gff2)