最近看文献，有两个词Homologs、 Orthologs的含义总是分不清，查了一下，结果需要学习的东西越查越多。
直系同源基因 - Orthologous genes (or orthologs)，概论参考链接：
https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007/978-3-642-27833-4_1731-3
Homologs(同源基因): 来源于共同祖先的相似序列为同源序列，强调shared ancestry，即来自共同祖先的基因或蛋白，甚至性状。但是，相似序列不一定是同源序列。
Orthologs(直系同源基因): homolog的一种，来自于不同物种的，由垂直家系(物种形成)进化而来的基因，并保留了与原始基因有相同的功能。
即在两个物种形成之前，是它们共同祖先里面的一个基因，随着进化出不同物种，该基因在不同物种中分别存在，是不同物种里的相同基因。
Paralogs(旁系同源基因): 也是homolog的一种，在同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化出与原来基因相关的新功能基因。
即gene duplication的产物。可以存在同一个基因组里，也可以存在不同的物种里。根据gene duplication跟物种形成的先后顺序，可以是in-paralogs（物种形成在前，gene duplication在后），这种只能是在同一个基因组里。如果是gene duplication在前，物种形成在后，叫做out-paralogs，这种可能在同一个基因组，也有可能不在。
xenologs(异同源): 通过水平基因转移，来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因。异同源的产生不是垂直进化而来的，也不是平行复制产生的，而是由于原核生物与真核生物的接触，比如病毒感染，在跨度巨大的物种间跳跃转移产生的。
水平基因转移：指在不同生物个体间或单个细胞内部细胞器之间，遗传物质的交流。
生物学意义：
Homologs： 通常来讲比较保守，在不同物种里面都有，最有重要的功能。
Orthologs: 直系同源基因由物种进化形成，常用来构建系统发育树；
Paralogs: 旁系同源基因，往往功能相似，也有不同的，基因加倍产生，慢慢形成了冗余基因，是物种进化重要的来源材料，在使用直系同源基因构建系统进化树的时候要区分一下，否则会影响结果。
构建系统发生树的意义：
1.对于一个未知的基因或蛋白质序列，确定其亲缘关系最近的物种。
2.预测一个新发现的基因或蛋白质的功能。
3.有助于预测一个分子功能的走势。
4.追溯一个基因的起源。
用什么序列建树？
如果DNA序列两两间的一致度大于70%，选用DNA序列。
如果DNA序列两两间的一致度小于70%的话，DNA序列和蛋白质序列都可以用。凭经验而言，选用蛋白质序列。
参考：
https://www.docin.com/p-2085228437.html
https://blog.sciencenet.cn/blog-257922-1292598.html
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