蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构，也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。
分析蛋白质三级结构是根据已知蛋白质结构推测未知蛋白质结构。
预测蛋白质三级结构的首选方法是同源建模法（homolog modeling）。该方法基于原理：相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构。比如三个蛋白质，它们在序列水平上十分相似，解析出的结构也十分相似。第四个蛋白质的序列和前面三个也高度相似，那么就可以比着前三个结构的样子画出第四个的样子。所以同源建模法的关键是找到一个好的模板。好的模板要求，在序列水平上模板（template）要与目标（target）蛋白质具有超过30%的一致度。
步骤流程：
A. 确定模板：找到与目标蛋白质同源的已知蛋白质结构作为模板（目标序列与模板序列间的一致度要≥30%）。
B. 序列比对：为目标序列与模板序列创建序列比对。
C. 计算模型：通过序列比对，将目标序列里的氨基酸替换到模板结构里对应的氨基酸所在的空间位置上。用同源建模软件预测结构模型。
D. 质量评估：同源建模软件输出结构模型后还需要进行质量评估，并根据评估结果更换模板或修正序列比对，重新构建模型，再次评估。重复这个过程，直至模型质量合格为止。
SWISS-MODEL网站地址：https://www.swissmodel.expasy.org/
是一款用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件。
Step1：打开网址https://www.swissmodel.expasy.org/ →Start Modelling
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Step2： 输入目标氨基酸序列（非FASTA格式） → 点击Build Model（创建模型）。这里渐变颜色表示从N端到C端的氨基酸。
Step3：
简单评价建模好坏可以看GMQE值（全球性模型质量估测），其值在0-1之间，越接近1，建模质量越好。当然，Qmean也是评价值之一，通过手势判断好坏。
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