IGV 软件有 自带的基因组文件和注释文件 ，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化 bigwig 文件或者 bam 文件时可能就有问题了。其次， 基因组更新是比较慢 的，但是 注释文件更新的很快 ，越来越多的新基因被鉴定出来，添加到注释文件里，注释文件就会有越来越多的新版本。推荐使用对应基因组版本的最新注释文件，这样得到的信息会更全一些。
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转录组入门4-参考基因组、注释文件下载及IGV - 知乎 (zhihu.com)
有时候用自己下载的 GTF 文件去定量后，在 IGV 里却找不到这个基因，这就是注释文件差异的问题。IGV 使用的注释文件好像时 UCSC 数据库的，所以载入自己的 GTF 文件才会准确一点。
一：下载基因组和注释文件
注释文件gtf/gff都可以
下载之后解压
二：导入到igv
（1）igv里面直接对参考基因组进行构建索引
IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择index
（2）igv里面给注释文件排序，构建索引
也可以不自己排序构建，即省略这一步(此步错误，一定要排序）
IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择sort；输入注释文件；生成sort；
接着，IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择index；输入刚刚的sort文件；生成index；
三：导入文件
IGV 里导入基因组文件和排序好的 GTF 文件 （也可以是下载好的原始注释文件，igv会自己构建索引），一定要先导入基因组文件！ ！！
（1）参考基因组
IGV 工具栏，Genomes → load genome from
或者Genomes → Create genome File ：
（2）gff/gtf注释文件
File → Load from File→找到注释文件即可（该步错误）
或者刚刚建立好索引的sort文件（不知道是不是gff的原因，导入该文件后显示如下图1，所以我直接输入了未经排序构建索引的注释文件，如图2）
这样做的好处是：
我们可以准确的查看比对后的结果文件，以及比对后转换的各种其他格式文件
这样做的不足是：
没有办法直接根据基因名进行搜索，没有直接用IGV自带的基因组文件方便
四：导出基因名和位置信息
如果我们使用 IGV 自带的注释文件，我们是可以根据基因名进行搜索的，但是加载自己的注释文件则不可以，只能根据位置进行查找，所以做一个含有基因名和位置信息的文件方便我们查找：
查看有多少个基因：
$ less -S Mus_musculus.GRCm39.104.sorted.gtf | grep -w "gene" |wc -l55416
查看有多少个基因：
$ less -S Mus_musculus.GRCm39.104.sorted.gtf \ | grep -w "gene" \ |awk '{print "chr"$1"\t"$4"\t"$5"\t"$14}' \ |sed 's/["|;]//g' \ > gene.info.xls
结果：
我们直接在 excel 里搜到感兴趣基因，然后复制前 3 列到 IGV 里直接查找回车就行了：
另一种办法：其实不同数据库的基因组版本基本是一样的，我们关注的主要是注释文件的差异，所以我们 默认使用 IGV 软件自带的基因组和注释文件 ，然后导入自己的 GTF 注释文件就行了：
先加载igv自带，然后File → Load from File→sort文件
