一、 故事背景
文革时期，叶文洁亲眼见到父亲为坚持真理，惨遭杀害。母亲和妹妹也都为自保，选择举报和揭发父亲的“恶行”。又见到了人类为了自身发展，砍伐树木，肆意毁坏生态环境。
这让她种下了，人类都是罪恶的，如果要唤醒人类道德的觉醒，需要借助外部力量来实现的想法。
二、偶然发现三体文明
机缘巧合下，叶文洁进入了红岸基地——为寻找外星文明而建立的国家秘密基地。
一次偶然的机会，她发现了太阳具有放大电波的作用。经过尝试，成功与外星文明——三体文明取得了联系。并通过联系，让三体文明获知地球的具体位置，企图借助三体文明的降临，来改造她眼中失败的人类。
三、建立地球三体组织
不久后，红岸基地被国家废弃，叶文洁也随之过上了平淡的生活。但她心中，始终牵挂并期待着那遥远文明的到来，改变人类。
当她结识了拥有同样思想的伊文斯后，便将三体文明的事告诉了伊文斯。于是，伊文斯便花费了大量人力财力，在一艘游轮上，重建了第二红岸基地，并成功与三体文明建立的联系。
至此，两人一拍即合，组建地球三体组织，准备着450年后，迎接三体太空舰队的到来。
四、三体组织的扩张及分裂
三体组织为实现组织的扩张，开发了《三体》游戏，借此筛选组织成员，吸引了大批对人类文明彻底绝望，憎恨自己物种的人类精英加入组织。
随着时间的发展，三体组织内部分化为三个派系：
- 降临派：主张迎接三体文明到来，消灭包括自己在内的全部人类。
- 拯救派：主张将三体文明视为上帝，因为得知三体文明生活环境的恶劣，想通过迎接他们的到来，拯救自己的主，并让主改善人类。
- 幸存派：对人类战胜三体文明，不抱任何希望。主张全心全意服务三体文明，以求在未来的大战后，三体文明可以给他们一点生存的机会。
五、地球文明开始联合作战
随着三体组织越来越频繁的活动，比如：协助三体文明扼杀地球基础物理科学家，自建武装力量等。
地球各个国家，开始重视这个组织，并通过各种情报，得知了那个遥远且强大的外星文明。
于是，地球各国正式组建联合军，并成功捣毁了三体组织的第二红岸基地，覆灭了包括伊文斯在内的绝大部分降临派成员，捕获了几乎全部的拯救派成员。也因此获悉了更为恐怖的消息，三体文明的目的是毁灭人类。
六、三体文明秘密正式浮出水面
三体文明将于450年后，到达地球，毁灭人类。
为阻止地球发展，三体文明向地球发射了2颗质子：质子的本质是9维的，三体文明已经将其改造成一台超级智能计算机，并将其维度降低为1维。因此，又可称为智子。
智子的使命是通过错误的引导，扰乱并阻止地球的基础物理实验，使其无法发展，进而达到封锁地球科技进步的目的。
在科技高度发达、掌控9维空间的三体文明面前，人类只是一只虫子。
七、危机纪元正式开始
面对三体文明的科技封锁，和即将入侵的事实，全世界陷入了巨大恐慌，但人类确并未放弃希望，开始集中全部资源和力量，思考对策，发展科技，以应对未来的危机——史称危机纪元。
