blast 基因/蛋白比对

第一步：创建一个操作的文件夹

第二步：将需要比对的序列放进文件夹。

              使用：vi query代码创建 标准序列。

               使用：cat....>all  代码创建 被比较序列。

第三步：开始构建blast数据库： makeblastdb -dbtype prot -in all.fasta -out all

第四步：进行比对： blastp -query query.fasta -db all -out blast.out -evalue 1e-10 -outfmt 7

第五步：过滤结果（知识点1：剔除含“#”的行 grep -v "#" blast.out | less -S 知识点2：选择特定列，比如要求某列的数值大于50  awk '$3>50 && $11<1e-100' blast.out2 >blast.out3  知识点3 在前期blast.out3的基础上，再选择特定的列 awk '{print $2}' blast.out3>blast.out4 知识点4 对blast.out4排序并删除重复 sort blast.out4 | uniq ）将以上步骤合并：grep -v "#" blast.out | awk '$3>50 && $11<1e-100{print $2}' | sort |uniq >protein_ids.txt

第六步：提取序列  seqtk subseq atha.fasta protein_ids.txt

最后可使用MEGA软件画进化树图。