《树上的男爵》没有轰轰烈烈的曲折故事，而是由主人公的“弟弟”平和而中立地讲述了哥哥柯西莫的树上人生。柯西莫是本书的主角，12岁的时候为了反抗由父亲控制着的严肃而陈腐的贵族家族权威和姐姐变态的“蜗牛餐”而爬上了树，并终其一生再也没有下地的一生。
柯西莫用这种反叛的行为向家人抗议，大家却觉得他这是小孩子的过家家。父亲觉得他“在那里待腻了就会改变主意的”，然而柯西莫坚持“我决不下树！”柯西莫用余生证明了自己的誓言。他慢慢学会了更多的爬树技巧，在这个与地面世界对立的平行世界里生活、打猎、学习、恋爱，在这个被遗忘的世界找到了心灵栖息之所。虽然住在树上，他却依然体面，除了吃食、训练和学习，他还把泉水引到树上，满足了自己日常饮用和洗漱的需求，而厕所他则设计在了一条河流上。
树上的世界虽然没有地面生活的富足，但是自由。柯西莫可以到达任何树木能到的地方，首先就是他们之前一直没能一窥究竟的种满奇花异草的邻居翁达力瓦侯爵家。当这个反叛的少年从自家桑树爬上隔壁家的玉兰树时，看到了金发的薇莪拉——骄傲活泼而诡计多端的小姑娘，从此启发了他的另一种情绪萌动。
不肯屈服于传统束缚的薇莪拉在多年后任性地在父母的威逼下选择了最老的一位求婚者结婚，次年变成寡妇后回到翁布罗萨故居与柯西莫重逢，两人幼稚而任性的爱情没有维持多久，薇莪拉又远走他乡，再也没有回来。而柯西莫，一直生活在树上，直到65岁时在树顶跳上路过的热气球，从此消失在大海的那边。
从爬上树的那一刻开始，柯西莫就宣布了自己的反叛。这次反叛所换得的自由，是弟弟羡慕而不敢触碰的，是姐姐意图破坏却难以如愿的，是妈妈无法支持只能远远鼓励的，是父亲怒不可遏后来终于理解的。这次反叛，开始了一场拉锯战，开启了理想的征程。
故事的最后，年轻的军官说：“这场战争……所有的一切，都是为了实现一个我根本无法解释的理想……”
“我也是。”柯西莫回答道，“许多年以来，我为一些连我自己都解释不清的理想而活着，但是我做了一件好事情：生活在树上。”
