RNA-seq

背景

步骤

1、构建测序文库

提取RNA----break成小片段----小片段反转成DNA----加接头----PCR扩增----质量检查QC----高通量测序得到raw data 就是fastq数据

2、原始数据处理

质控----过滤----对比到参考基因组----每个基因比对上多少个reads
过滤：过滤掉没结合上的接头
参考基因组：打断成许多小片段，对他们进行构建索引index
测序基因组reads：也打断成小片段，比对到基因组上。
统计reads数得到表达矩阵（做成一个表格）----标准化表达矩阵

3、可视化

PCA分析----看表达差异----找到差异基因

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