首先需要安装一些软件包
- yyplot包的下载
yyplot包是存放于github里的一个R软件包，因为不是存放于标准R库，如
CRAN和bioconductor里，所以需要通过devtools包里的install_github()函数下载
install.packages("ggimage")
install.packages("qrcode")
library(devtools)
install_github("GuangchuangYu/yyplot")
报错如下
# Downloading GitHub repo #GuangchuangYu/yyplot@master
# Error in utils::download.file(url, path, method #= download_method(), quiet = quiet, :
# cannot open URL
# https://api.github.com/repos/GuangchuangYu/yyplot/tarball/master
于是，就是一通搜索解决install github方式下载包出错的方法，其实之前就碰到过了，一致没解决，于是今天就把找到的一个解决办法分享在这里，让更多的人知道
-
install github包出错解决方法
- 打开电脑里的IE（Internet Explorer）浏览器，点击
设置，选择Internet选项，选择高级，依次找到使用SSL 3.0、使用 TLS 1.0、使用TLS 1.1、使用TLS 1.2。勾选完后，点击引用和确定，最后刷新下网页。步骤如下贴图：
- 打开电脑里的IE（Internet Explorer）浏览器，点击
image
image
- 重新安装
install_github("GuangchuangYu/yyplot")，无报错，安装成功
下面直接给出获取本领域发表文章趋势作图代码
- 代码如下，可以根据自己的需要进行调整
##The script to abtain the trend of metagenomic##
rm(list = ls())
panel_title <- "The trend of gut microbiota and metabolomics"
sub_title <- "Source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/"
term <- c("metagenomic","gut microbiota")
year <- 2010:2018
library(yyplot)
library(ggplot2)
library(ggrepel)
pm <- pubmed_trend(term,year = year)
colnames(pm)[1] <- "Year" # 修改列名
colnames(pm)[3] <- "Articles"
ggplot(pm,mapping = aes(x = Year,y = Articles)) +
geom_point(aes(colour=TERM)) + geom_smooth(aes(colour=TERM)) + theme_bw() +
ggtitle(panel_title, subtitle = sub_title)+
geom_label_repel(aes(label= Articles)) +
theme(
plot.title = element_text(hjust = 0.5),
axis.title.x = element_text(size = 16),
axis.title.y = element_text(size = 16),
axis.text.x = element_text(size = 12, colour = "grey50"),
axis.text.y = element_text(size = 12, colour = "grey50"),
legend.title = element_text(size=14),
legend.text = element_text(size = 12),
legend.key.size = unit(0.8,"cm")
)
ggsave("metagenomic_pubmed_trend.tiff",width = 10,height = 8)
- 图形结果如下：
文章发表趋势图
参考
[1] https://ask.csdn.net/questions/713186 install github出错解决方法
