第一次长安争夺战算是落下了帷幕，双方谁也不占优势，算是持平，但唐王朝这些黄巢的老对手，各个潘镇大佬各有各的小算盘，都是人中之精，简称人精，明面儿上的总指挥郑畋虽然是个忠臣吧，但是威望能力皆有疑问，根本控制不了手下这些人。
中和元年十月，凤翔军行军司马李昌言率军屯兵兴平，但是郑畋因为物资稀缺，一个不小心对兴平军的犒赏就少了些，粮食供给也没有太及时，这倒也不是郑畋有意搞李昌言，事情就这么个事情，条件就这么个条件，郑畋也没办法。
倒是李昌言，早就有心取而代之，随后趁着士兵们有满腔满腹的怨怼，直接带兵袭击凤翔，俗话说的好，哀兵必胜，郑畋稀里糊涂就被李昌言给捉到手，郑畋也没什么办法，只能同意李昌言为留后，自己前往大后方，找僖宗去。
本来这个事儿来龙去脉很清楚，李昌言无组织无记录，拥兵自重，弄走郑畋，性质恶劣，影响严重，但僖宗这个二货又犯了混，指望着李昌言能接替郑畋镇压齐军，不敢对李昌言指手画脚，反而给郑畋一顿臭骂：“不能倾心养士，尽力恤人，以至士卒寒心。”
随后，郑畋被贬为太子少傅，李昌言被正式任命为凤翔节度使，郑畋一路上百感交集啊！卸磨杀驴来的这么快吗！随后上书称病请求免职。
僖宗这一闹，唐军关中地区最高统帅又没了。
眨眼间时间就到了中和二年，就是局势渐渐明朗，胜利的天平似乎偏向了唐王朝一方，这年僖宗正式任命宰相王铎为诸道行营都统，以太子少师崔安潜为副都统。
诸道行营都统，这是唐朝全国行营的最高长官，天下兵马大元帅啊。在这之前这个职务一直是高骈的，高骈是当时大唐国内实力最强盛的潘镇，手握重兵，又有宰相头衔，还兼任江淮盐铁转运使，那真是一手攥着刀把子，一手拿着钱罐子的实力派代表人物。
讲道理高骈是立过大功的人，朝廷也从没有亏待过高骈，国难当头，高骈应该一马当先为国出力才是应该的，但是高骈思想出了问题，功劳大了，实力强了，野心难免开始自我膨胀，眼睁睁看着黄巢一路打到长安，始终无动于衷，其实就是想隔岸观火趁机割据淮南。
僖宗丢了长安之后，几乎是一天一个使者催高骈出兵，但是高骈始终推三阻四，僖宗也忍无可忍，终于决定正式换将，派宰相王铎出马。
王铎其人曾在乾符六年以宰相身份出师江陵，结果大家都知道，被人打得头破血流狼狈逃窜，回去就被僖宗免了职，可以说是丢尽了脸面，这次临危受命重新得到了僖宗的重用，再也不敢像上次那么散漫不上心了，知耻而后勇，几天之内就把新一届的军事指挥班子组织好。
他任命周岌、王重荣为左右司马，任命诸葛爽及宣武节度使康实为左右先锋使，任命右神策观军容使西门思恭为诸道行营都监，任命杨复光为南面行营都监，任命王处存、李孝昌、拓跋思恭为京城东、北、西面都统，任命感化军节度使时溥（pu音普）为催遣纲运租赋防遏使。这些都是一直以镇压农民起义闻名的唐军将领，对起义军有着刻骨铭心地仇恨，此时齐聚于王铎的大纛之下，军事上有了统一部署，后勤供应也得到了保障，剩下的必然是对刚刚建立起来的大齐政权更加疯狂地反扑。
果不其然，刚到这一年的四月，唐军就再一次地对长安展开了包围。长安东面，王铎率禁军及山南西道、剑南东川两镇兵马共三万人屯于周至，于灵感寺设置帅府。长安西面，杨复光率忠武军、沧州、寿州军进驻武功，朱玫率邠宁军、李昌言率凤翔军以及泾原军进驻兴平。长安北面，王重荣率河中军、王处存率义武军屯于渭北。长安西北面，拓跋思恭率定难军屯驻渭桥。
这时候的黄巢，形势对他很不利，此时距离他进入长安已经一年多，后勤难以得到保障的问题彻底暴露出来。
长安作为唐朝的首都，人口稠密，粮食供应本来就十分紧张，要靠漕运山东和江南一带的粮食来维持其庞大的军政机构。而此时黄巢带着的几十万大军处于唐军的军事封锁之中，使大齐的号令不出同、华二州，再加上农耕俱废，输赋无人，粮食问题就成了一个无法解决的问题。
当时不仅仅是齐军的普通士兵，就连齐军的高级将领也受到粮食的困扰，韦庄曾在《秦妇吟》一诗中对此时齐军的情况有过形象的描写“四面从资多厄束，一斗黄金一斗粟。尚让厨中食树皮，黄巢机上刲人肉。东南断绝无粮道，沟壑渐平人渐少。六军门外依僵尸，七架营中填饿殍。”可见其粮荒的程度到了多么的严重的地步。
当时齐军士兵多以树皮充饥，或向唐军购买死人为食。唐军中便有人抓来山民卖给齐军，以肥瘦论价，高者价可达数百缗（一缗等于一千文）。在这种情况下，齐军本来应主动撤出长安，另辟战场或能保军，但黄巢贪恋长安城内的繁华，始终不肯撤走，这明显就是一种自掘坟墓的行为。
在这种情况下，黄巢试图通过军事手段对此不利局面展开突破，先后多次派兵主动出击，以求打破唐军形成的包围圈。然而他的士兵连饭都吃不饱，又哪来的战斗力可言？不但打不破唐军的包围，还屡次为唐军所败，最后只能是被动防守。然而，这种局面还没能维持多久，就有一个更大的打击向黄巢袭来，他的心腹爱将，同州防御使朱温投降了。
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