酵母文库构建,SMART还是Gateway?

酵母文库类似于一个储存大量外源基因片段的仓库,利用酵母细胞作为载体,将外源基因片段插入到酵母菌内,形成一个包含大量基因片段的集合。酵母文库可以用于研究基因的功能、表达、互作等各个方面,是生物学研究中的重要工具之一。当把我们研究的目标基因成功构建到载体上,并成功构建酵母文库,可以便捷得用于包括筛库等各项后续实验。

通过酵母文库技术,可以构建全基因组的蛋白质互作网络,分析蛋白质的结构、功能、调控和演化,发现新的蛋白质和信号通路。如酵母双杂是利用酵母文库研究蛋白质互作的经典策略。

图1 核酵母双杂基本原理

利用酵母文库进行蛋白组学、基因组学等研究,不仅更加经济便捷,而且作为经典思路被广泛认可。

酵母菌作为一种真菌,在生物技术实验上发挥了巨大作用,酵母文库的构建方法,目前比较主流的包括SMART和Gateway两种,两种技术适用于不同的条件和需求。

SMART技术是由Clontech于1996年开发的,SMART技术的名称来源于switching mechanism at 5’ end of RNA template的缩写,最初用于构建哺乳动物cDNA文库,后来也用于构建酵母cDNA文库。SMART技术的原理是利用反转录酶的模板切换活性,将特异性的序列加到cDNA的5’端,从而提高全长克隆的效率。

Gateway技术是由Invitrogen于1999年开发的,最初用于构建无限制性酶切位点的克隆载体,后来也用于构建酵母文库。Gateway技术的原理是利用细菌噬菌体λ的重组系统,将特异性的重组序列加到DNA片段的两端,从而实现不同载体间的DNA转移。

SMART和Gateway实验步骤对比

建库材料选择

酵母文库构建的材料可以选择植物组织、动物组织/细胞、菌液或完成提取未降解的RNA。

提取的RNA经琼脂糖凝胶电泳应能清晰看到28S和18S两条带;经分光光度仪检测,OD260/OD280应在1.8-2.2之间,OD260/OD230应大于2。

SMART和Gateway技术对比

SMART技术和Gateway技术都是酵母文库构建的有效方法,但是它们各有适用的条件和需求。一般来说,如果起始RNA量少,或者需要富集低丰度表达基因,或者需要包含5’非翻译区的序列,可以选择SMART技术;如果起始RNA量多,或者需要在不同的表达载体间进行DNA转移,也可以选择Gateway技术。

当然,科研过程中,并不是越复杂的实验操作带来的结果就更加真实可靠,相反,过于复杂繁琐的操作更容易造成移码等不好的结果。尽管Gateway法的初级文库经过扩繁理论上可以进行无限次使用,但随着时间的推移,菌液质量下降可能会对实验结果造成影响。

相比于Gateway法,SMART法有着更简便的实验操作,需要更低的RNA起始量,经过均一化操作有效富集低丰度表达基因,降低冗余序列比例,同时,SMART法能合成完整的包括5‘非翻译区的基因信息,提高全长克隆的比例。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 211,265评论 6 490
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,078评论 2 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 156,852评论 0 347
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,408评论 1 283
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,445评论 5 384
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,772评论 1 290
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,921评论 3 406
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,688评论 0 266
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,130评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,467评论 2 325
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,617评论 1 340
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,276评论 4 329
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,882评论 3 312
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,740评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,967评论 1 265
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,315评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,486评论 2 348

推荐阅读更多精彩内容