cellphonedb安装、pip安装失败

最近在学习摸索单细胞的数据处理,遇到了很多各种各样的问题。这些问题可能在熟悉的小伙伴们看来就是很菜的问题,但是很多时候不碰到这些问题真的很难成长。

这篇blog就是记录cellphonedb安装失败的经验以及处理方法,当然其实不仅仅是cellphonedb,还有很多pip install 失败的软件其实都可以借鉴这个思路。

这里忽略conda安装,这方面教程很多

step1.创建cellphonedb小环境

#创建cellphonedb小环境
conda create cellphonedb
conda activate cellphonedb

step2.安装cellphonedb

#pip安装
pip install cellphonedb

这句命令看上去很简洁,但是就是会频繁报错,诸如下图。

image.png

网上搜索了很多cellphonedb安装的问题,其实都没有满意的答案。后来改为搜索pip安装。很快就解决了。
关键就是pip的源链接问题!!!!

step3.解决方案

一般安装python之后,pip默认的镜像地址是:https://pypi.org/simple 但是由于默认的官方pypi经常被墙,或者连接速度较慢,导致pip安装经常不可用或者下载安装包失败,所以我们最好是将自己使用的pip源更换一下,使用境内的pip镜像安装源

网上有很多可用的源,例如:
清华大学https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 清华大学的pip源是官网pypi的镜像,每隔5分钟同步一次,重点推荐!!!
阿里云http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
华中理工大学:http://pypi.hustunique.com/
山东理工大学http://pypi.sdutlinux.org/
豆瓣http://pypi.douban.com/simple/

临时使用镜像地址

在使用pip的时候加参数-i https://pypi.tuna.#tsinghua.edu.cn/simple
例如:

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple flask

这样就可以从清华的镜像下载安装falsk。

永久修改pip镜像(推荐)

Linux系统:

修改 ~/.pip/pip.conf (没有就创建一个pip文件夹及pip.conf 文件。文件夹要加“.”,表示是隐藏文件夹),pip文件内容如下:

[global]
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
[install]
trusted-host=http://mirrors.aliyun.com

GOOD LUCK!

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