生物信息学需要掌握的 Linux 基础操作

符号

/ : 根目录 (写入绝对路径)
~ : 自己的home目录
. : 当前目录
.. : 上一层目录 (写入相对路径)

查看命令

ls -l (ll) : 查看详细文件
ls -s -h :查看文件大小

cat : 将所有的文件都打印出来
less : 每次只显示一部分,按上下键翻阅,q 退出
less -S :查看文件不换行,可以左右翻页
head : 默认显示前十行
head -n :显示 n 行
tail : 默认显示后十行

文件整理

mkdir : 新建文件夹
cp a b_dir : 拷贝 a 到 b_dir
rm : 删除文件
rm -r :删除文件夹(递归命令)
mv a b_dir : 移动(可以移动多个)
ln -s 绝对路径 :给文件建立一个连接,可以直接调用(使用 ls -l 可以查看到)

vim 编辑文件

命令模式下可以对文件进行复制、粘贴、删除等
按 i 键进行编辑模式(插入模式),修改完后 esc 键退出到命令模式
保存修改需要按 :进入末行模式,w 保存修改,q 退出

命令模式下
yy : 复制整行
2yy : 复制两行
p : 粘贴
dd : 删除整行
2dd : 删除两行
u : 撤销
v 加 上下左右键进行选择,y 进行复制,c 进行剪切

压缩和打包

.gz 文件 : gunzip 解压 ,gzip 压缩
.bz2 文件: bunzip2 解压,bzip2 压缩

.tar 打包: tar -cvf 命名 文件
.tar 解包: tar -xvf 文件

.tar.gz 压缩并打包:tar -zcvf 命名 文件
.tar.gz 解包并解压:tar -zxvf 文件
.tar.bz2 压缩并打包:tar -jcvf 命名 文件
.tar.bz2 解包并解压:tar -jxvf 文件

上传和下载数据

ftp 命令(下载别人服务器上的数据)
sftp 用户名@服务器地址 -p 端口号 # 自己与服务器间的数据互传
然后输入密码就可连接到远程ftp服务器上。
pwd: 查看远程服务器所在目录
lpwd:查看本地服务器目录 # l 是 local 的意思
ls: 查看远程服务器文件
lls: 查看本地服务器文件
lcd: 进入本地目录
get: 下载文件到本地
put: 上传文件到远程
exit: 退出

FileZilla 图形界面FTP工具可以实现互传

wget :从网页下载数据
wgrt -c :文件较大时,支持断点续传

如果文件较多,先使用 vim 写一个 list 文件(.lst),再使用 wget -i .lst 下载 list 文件中的所有链接

scp : 跨服务器拷贝
scp (目标)用户名@服务器地址:文件路径 (当前)用户目录
需要另一台服务器的密码

用户和权限

root : 超级管理员(最高权限)
su root : 切换到 root 账户
添加用户分组:groupadd 组名
添加用户: useradd 用户名
删除用户:userdel 用户名
添加用户密码: passwd 用户名 然后设置密码
root 切换到普通用户:su 用户名 # 不需要密码
exit : 退出当前用户
useradd -g 组名 -m (创建用户的同时创建用户 home 目录) -s /bin/bash (指定用户的 shell , 一般选择 /bin/bash ) 新用户名
然后切换用户后,cd ~ 就可以进入新用户的 home 目录下
id :查看用户信息

修改用户分组:usermod -g 新组 -s /bin/bash 用户名

Linux 用户分类:
u : 属主
g : 同组
o : 其他人

linux 权限分类:
r :可读
w :可写
x :可执行

chmod 修改权限
+:增加权限
-:去除权限
=:赋予权限

ll 查看文件详情


ll 查看文件详情

从左到右:
-rw-(-后前三位) 属主权限(可读可写)
r--(中间三位)同组权限
r--(后三位)其他人权限

增加去除权限:
chmod o+w test.txt # o 代表其他人,+ 代表增加,w 代表可写
对一个软件修改执行权限:
进入软件的 bin 目录,然后安装上面操作就可以

其他命令

ps #查看当前终端的任务,kill+编号可以直接删除任务
top # 查看进程
w #查看登录的人
wc -l #查看有多少行
conda config --add channels #添加源
pwd #查看当前路径
sudo #权限
查找一个包的位置 which + 名字
清空屏幕 ctrl+l
less -S 查看文件不换行

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