公元前399年，苏格拉底被雅典公民迈雷托士告上法庭，罪名是不信雅典的神和败坏青年，古希腊思想文化的第一盛事——苏格拉底之死到来了。苏格拉底不过是个喜欢跑到街上向别人提问和辩论的人，为什么被告上法庭呢？总结起来有两个原因。
第一个原因是伯罗奔尼撒战争刚刚结束，雅典输给了斯巴达，雅典人民群情激愤，觉得是城邦内部有人削弱了雅典的实力造成了战败，有一些人觉得是苏格拉底把人心搞乱了；第二个原因是苏格拉底每天找人提问和辩论，揭露了很多人的无知，造成了一些人怀恨在心。
按照雅典的法律，法院审理判决的流程是这样的：首要要确认陪审团人数，根据案件的严重程度，分为201、301、401或501个陪审员，不信神和败坏青年是代表城邦公诉的重罪，所以苏格拉底案的陪审团成员有501个。开庭由原告发表控诉被告罪状的演讲，然后被告发表辩护演讲，各自讲完之后开始第一轮投票，投票被告是否有罪。如果投票结果是半数以上陪审员认为无罪的话，当庭释放被告。如果投票结果是有罪，由原告和被告各自提出自认为合理的惩罚，开启第二轮演讲投票。
柏拉图的著作《苏格拉底的申辩》中记录了苏格拉底的辩护词。首先，苏格拉底诉说了被起诉的原因，自己每天东奔西跑和人辩论诸如“什么是虔诚、正义、勇敢”的哲学生活揭露了很多人的无知，不少青年效仿自己的提问方式，怀恨在心的人就更多了，至于那个起诉自己的迈雷托士也并不是真正关心城邦。接着苏格拉底否认了对于他的两项罪行指控，他认为自己非但信神，而且是神带给雅典的礼物，他也并没有败坏青年，每天的哲学生活是为了警醒雅典人民的灵魂，让他们关注自己的德性而不是像金钱和名声这样的身外之物，自己死也不会改变这种生活方式。苏格拉底还将自己比作"牛虻"，去叮咬雅典这只马，因为这只马已经太懒了。第一轮的法庭投票以280票比221票判决苏格拉底有罪。
梅里图斯建议判处死刑，对此苏格拉底表现出一种视死如归的轻蔑态度，他觉得像他这样不关心个人生活而追求公共事业的人，非但不该接受任何刑罚，还应当被当作雅典的功臣，享受在公共食堂免费就餐的权利。他说道：“如果我说，对我来讲不可能保持沉默，因为那就意味着违背神，你们不会相信，还会认为我是在装腔作势；如果我说，每天谈论德性，谈论别的你们听我讨论的事情，听我检审自己和别人，这就是最大的好，因为对人来讲，未经审视的人生不值得度过，你们更不会相信。”苏格拉底这番演讲更激怒了陪审团，第二轮法庭投票以更大的比值差距判决苏格拉底死刑。
苏格拉底的学生都去监狱看望他，并且他的学生柏拉图和色诺芬准备贿赂监狱守卫，让他逃离雅典。苏格拉底拒绝了这个建议，他说自己一生享受到了法律带来的好处，不能在晚年做不忠于法律的事情，服从法律是每个公民的义务，尽管法律也有不对的地方，作为一个好公民，他必须去死。苏格拉底就这样饮下毒酒慷慨赴死，终年70岁。
没多久雅典人民就意识到了自己犯下大错，他们为苏格拉举行了隆重的悼念活动。起诉苏格拉底的迈雷托士被判处死刑，一帮起哄者遭到流放。之后的两千余年里，人们仍然一直在思索：苏格拉底这样的人怎么会被处死？民主该如何避免乌合之众的暴政？可以说，苏格拉底之死极大地丰富了西方思想文化的发展。正如他死前所说：“我去死，你们去生，我们要去做得哪个更好，除了神之外谁也不知道。”
