如何查找某个gene的promoter sequence?
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首先,知道启动子在哪里?
启动子通常位于转录起始位点(transcription start site,TSS)或第一个exon的上游 -
其次,找gene的TSS
对于注释好的物种的基因组,就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。 -
其他
人类的启动子相关数据库
Biobase TransPro
mPROMDB
CSH TRED
Eukaryotic Promoter Databse(EPD)
--以Ensembl为例--
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1 打开上述Ensembl网址,选择物种,以示例中的BRCA2为例
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2 点击sequence
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3 粉色背景红色文本为exons,第一个exon前面的sequence即为promoter sequence,默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp,按下面
窗口就会更新了。
- 4为了确定是否正确(主要是TSS位点),可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
复制ensembl的 promoter sequence
---- END