CLUMPAK
是一个perl脚本，需要提前按照说明书使用cpanm或conda安装所需模块
官网
structure官网发现这个软件，好像是整合了clumpp与distruct的功能，
网页版CLUMPAK有两种格式input，除了structure还有admicture，这个运行速度快，好像只使用snp数据。
admixture下载
CLUMPAK 的网页版的使用速度慢，使用本地版本。本地版本是perl脚本，网上没有相关的教程，先看软件的手册。
1输入文件及参数
有3中 输入文件格式，2种stucture 格式1种admixture格式。手册里有Q-matrices这个概念，不清楚。要是使用structure，手册建议 POP_DATE = 1.
所有k一起压缩，或分k压缩再压缩为一个文件
1.1 Advanced options’ files
关于label color 的参数文件
1.2 Additional parameters
(1) input format
命令行更改输入的格式
(2) MCL threshold
不太懂这个参数的意义
(3) CLUMPP options within single K values
选择不同算法、更改input orders (REPEATS)不懂、更改check-up的threshold（与工作时间有关）
(4) CLUMPP options between K values
大概是根据不同的k 选择不同的比对算法，up to k=8 使用 consider all possible permutations，较大的使用greedy procedure.
2.Usage options
main pipeline, ‘DISTRUCT for many K’s’, ‘Compare’, and ‘Best K'. 四个模块功能
2.1 main pipeline
recommend using POP_DATE = 1. 含有群体分类，=0是需橙色群体分类文件，如无认为是一个群体
The basic command-line for the main pipeline is as follows:
2.1.1 软件基本操作
perl CLUMPAK.pl --id <INTEGER> --dir <CLUMPAK_OUTPUT_DIR> --file <results.zip>
Can't locate List/MoreUtils.pm in @INC (you may need to install the Lis t::MoreUtils module) (@INC contains: /root/miniconda2/lib/site_perl/5.2 6.2/x86_64-linux-thread-multi /root/miniconda2/lib/site_perl/5.26.2 /ro ot/miniconda2/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /root/miniconda2/lib /5.26.2 .) at StructureOutputFilesAccessor.pm line 7.
BEGIN failed--compilation aborted at StructureOutputFilesAccessor.pm li ne 7.
Compilation failed in require at CLUMPAK.pl line 8.
BEGIN failed--compilation aborted at CLUMPAK.pl line 8.
需要先安装需要的模块，使用cpanm安装所需模块，需要模块较多。
curl -L https://cpanmin.us | perl - --sudo App::cpanminus
安装cpanm
也可以使用conda安装perl模块，比cpanm简便
运行 CLUMPAK.pl 报错 K=2/CLUMPP.files/ClumppCommands.sh: line 5: CLUMPP/CLUMPP: Permission denied ,需给CLUMPP/CLUMPP 等可执行权限,此外在运行过程中也会报错其他问题主要是相关模块等没有安装，搜索报错，一般会有解决方案。
使用数据得到如下结果，软件运行结束会生成一下结果，包括不同K值的相关结果及summary file。 CLUMPAK.pl 使用后，一个K值（包含多个run）会得到一个图，
但是目前上边这个图还没有显示样本id及种群id，需指定其他参数
2.1.2 Additional options and parameters
其他参数可能是用于进一步美化图形，展示更多的信息
作为clumpak 的输入文件，structure的result结果文件里是有样本id信息的
2.2 DISTRUCT for many K’s
每个k的每个run都得到一个图形，不是一个k中得到一个结果
cp: cannot copy a directory, ‘./’, into itself, ‘1’ 先忽略这个错误
Creating summary zip 1.zip
Finished creating zip
Done!
distruct
因为画图需要调用这个，也得看下手册
2. Input file
2.1 Population Q-matrix file
第一列为种群id , 这k列分别为k个structure划分的cluster的membership coefficients，最后一列为种群的大小
2.2 Individual Q-matrix file
需要 NUMINDS is the number of individuals and PRINT INDIVS is set to 1,即根据 Individual的情况画图。Column 2 gives a code number for the individual. Column 4 gives the code number for thepopulationto which the individual belongs. Columns 1, 3, and 5 are ignored. Columns 6 to K + 5 show membership coefficients for clusters 1, 2, ..., K。会根据输入文件中个体的顺序画图，并根据种群分组。
2.3 Labels below the figure
需设置 PRINT LABEL BELOW to 1 及 INFILE LABEL BELOW文件（第一列为population code，第二列为种群名称），默认打印种群id作为label. 种群顺序跟 INFILE LABEL BELOW文件保持一致。
2.4 Labels atop the figure
与上条目一致
2.5 Vertical cluster order and cluster colors
设置图形中的颜色选用，颜色很多。INFILE CLUST PERM指定k个颜色，无指定则默认使用颜色表顺序颜色。GRAYSCALE 设置为1 使用灰度颜色（黑白）。
3 Usage options
程序与需要使用的文件在同一个目录。drawparams里的参数以#define开头，#应该不是注释作用。//后的内容是注释内容，对参数的顺序不敏感
3.1 Data settings and main options
INFILE POPQ: 种群矩阵
INFILE INDIVQ:个体矩阵
INFILE LABEL ATOP：图上边的lable
INFILE LABEL BELOW:图下边的label
INFILE CLUST PERM：图形颜色
PRINT INDIVS： 1 plot 个体。0 plot 群体
PRINT SEP： 不同种群间有黑色线条
3.2 Figure appearance and additional options
BOXHEIGHT ：单个个体图形中的高度
ORIENTATION：设置图形方向
PRINT INFILE NAME：print INFILE POPQ 文件到图形
看完手册 还是不清楚怎么在图形上显示个体名称
而期望的图形为，还需要显示一个标尺
或许需要对数据进行排序。
drawparams 参数
（1）define PRINT_INDIVS
define PRINT_INDIVS 0 时，只画population Q-matrix，种群视为一个整体样本
