最近在编译一个JNI项目遇到了这样的错误：
Execution failed for task ':app:transformNativeLibsWithMergeJniLibsForRelease'.
> More than one file was found with OS independent path 'lib/armeabi/libJniTest.so'
首先想到的依赖的多个aar库中包含了冲突的so文件，这种情况可以通过配置packagingOptions解决。但工程中并未依赖其他库，问题是如何出现的呢？
一、APK会打包哪些so？
首先先了解下APK中的so通常来自哪里：
1. 自身构建的native库
如果工程自身包含native代码，并使用CMake等工具构建，会生成对应架构的so库：
android {
...
externalNativeBuild {
cmake {
...
abiFilters 'armeabi', 'armeabi-v7a'
}
}
}
...
externalNativeBuild {
cmake {
path "CMakeLists.txt"
}
}
}
CMake工作目录在app/.externalNativeBuild/cmake/debug/armeabi下，我们在CMakeCahe.txt中可以看到，CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY默认值为：
CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY:UNINITIALIZED=/Users/tsia/xxx/xxx/app/build/intermediates/cmake/debug/obj/armeabi
CMake输出目录
这些so会打包到APK中。
2.指定的外部库
如果我们依赖了一个外部的so，编译时我们可以通过add_library添加外部库依赖，如果我们希望打包的时候能一起带进来，需要在gradle中配置jniLibs的路径：
android {
...
sourceSets {
main {
jniLibs.srcDirs = ["mylibs"]
}
}
}
mylibs和gradle文件在同一目录下，是相对的路径。jniLibs.srcDirs就是告诉gradle那个目录下的so库要打到包中。
3. compile的外部库
如果通过compile方式依赖一个外部aar库，其中的so会被打包到APK中。
二、问题分析
我的项目中只包含自己构建的native库，唯一不同的是我在CMakeLists.txt中指定了构建产物的输出目录：
set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI})
于是在src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}下也输出了一份so库：
虽然我们没有设置，但jniLibs.srcDir有默认值，通过
println "jniLibs.srcDirs= ${android.sourceSets.main.jniLibs.srcDirs}"打印发现：
jniLibs.srcDirs= [/Users/tsia/Documents/xxx/xxx/app/src/main/jniLibs]
CMake输出目录和jniLibs指向同一个目录，下面的so会被打包两次产生冲突，原来如此！
三、如何解决
方法1
jniLibs目录设为空，如指向其他目录也行，只要不要和CMake输出目录重合。
android {
...
sourceSets {
main {
jniLibs.srcDirs = []
}
}
}
方法2
中配置打包规则，有冲突选择就第一个最为打包内容：
packagingOptions {
pickFirst "**/libJniTest.so"
}
相关链接：
《使用CMake构建Android JNI工程》
