代码书写01--argparse命令行参数解析

在命令行中运行R脚本,可以使用Rscript practice.R的方式,其中practice.R是我们希望运行的脚本。在Linux和Unix系统中,有一种更简介的方式,即通过在脚本第一行添加#! /usr/bin/env Rscript的方式,来告诉操作系统这段脚本的要调用Rscript来运行。此时只要进入到practice.R所在的路径中,使用命令./practice.R便可以直接运行这段代码。类似地,如果是一段Python3脚本的话,我们可以使用#! /usr/bin/env Python3

argparse is an R package which provides a command line parser to be used with Rscript to write "#!" shebang scripts that gracefully accept positional and optional arguments and automatically generate usage.

argparse包分为三个步骤:

  1. 使用ArgumentParser()创建一个参数解析对象
  2. 使用add_argument()为前面的对象增加参数
  3. 通过parse_args()把解析对象赋值并在后续程序中调用

我们可以先把下面的脚本储存成为example.R,这段脚本的作用是输出若干个随机数,具体的随机分布与输出参数数量由命令行参数决定。

#! /usr/bin/env Rscript
library(argparse)

# 创建参数解析对象
parser <- ArgumentParser()

# 设置参数
# 设置第一个参数verbose,缩写为v,其作用是告诉脚本是否打印完整的计算过程,其缺省值为TRUE
parser$add_argument("-v", "--verbose", action="store_true", default=TRUE,
        help="Print extra output [default]")

# 设置第二个参数quietly,缩写为q,其作用是修改verbose参数,当调用改参数时,verbose被修改为FALSE,从而导致不再打印计算过程
parser$add_argument("-q", "--quietly", action="store_false", 
        dest="verbose", help="Print little output")

# 设置第三个参数count,缩写为c,这是一个整数参数,缺省值5,在后续的代码中被用作确定输出随机数的个数
parser$add_argument("-c", "--count", type="integer", default=5, 
        help="Number of random normals to generate [default %(default)s]",
        metavar="number")

# 设置第四个参数generator,无缩写,用于确定调用何种随机分布,缺省值rnorm对应于正态分布
parser$add_argument("--generator", default="rnorm", 
        help = "Function to generate random deviates [default \"%(default)s\"]")

# 设置第五个参数mean,无缩写,浮点数,用于确定正态分布的均值,缺省值为0
parser$add_argument("--mean", default=0, type="double",
        help="Mean if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")

# 设置第五个参数sd,无缩写,浮点数,用于确定正态分布的标准差,缺省值为1
parser$add_argument("--sd", default=1, type="double",
        metavar="standard deviation",
        help="Standard deviation if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")

# 调用解析器,此时args就被赋值为命令行参数输入的相应值
args <- parser$parse_args()

# 根据verbose确定是否打印计算过程
if ( args$verbose ) { 
        write("writing some verbose output to standard error...\n", stderr()) 
}

# 根据其他参数,确定输出随机数的类型与次数
if( args$generator == "rnorm") {
        cat(paste(rnorm(args$count, mean=args$mean, sd=args$sd), collapse="\n"))
} else {
        cat(paste(do.call(args$generator, list(args$count)), collapse="\n"))
}
cat("\n")

首先修改脚本的权限,为其添加可执行权限

sudo chmod +x example.R

然后便可以使用了

  • 查看帮助
./example.R --help
  • 执行脚本
./practice.R

使用参数输出3个正态分布随机数

./practice.R --mean=10 --sd=10 --count=3

也可以输出均匀分布随机数,并且选择不打印计算过程

./practice.R --quiet -c 4 --generator="runif"

参考:
Data Science at the Command Line
argparse: Command line optional and positional argument parser

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