昨天学习了一些linux的基本语言，回顾一下：

pwd显示当前路径
mkdir 建立文件夹
ls 查看
rm 删除
cd 进入目录
vi 新建脚本
cat 查看
head/tail 输出
cp 复制
mv移动/重命名
温故而知新

今天学习linux环境下安装软件

1. 下载镜像miniconda 清华：

   
   
   image.png

uname -a
#查看服务器的型号
mkdir biosoft
#创建一个存放软件的文件夹
cd biosoft
#进入到biosoft文件夹中
wget http
#复制粘贴latest镜像下载链接（善用tab键自动补全）

image.png

2. 安装miniconda：

   
   
   
   

   键入代码开始安装，利用tab补全。
   进行不下去的时候，注意按enter，yes之类的

3. 激活miniconda：

   
   
   image.png

如果不成功就将miniconda目录删掉，从安装重新开始，不需要重新下载镜像脚本

4. 添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

一句一句键入或者整段键入都可以

image.png

目前为止安装conda完成，接下来可以在conda中安装软件了。

5. 安装软件

conda list
#查看当前所有软件列表
conda search fastqc
#搜索数据质控软件fastqc
conda install fastqc -y
#自动安装软件，-y为自动安装，也可以fastqc=0.11.7（版本号） -
conda remove fastqc -y 
#卸载软件

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6. conda环境

同时进行几个项目时，不同项目需要某种软件不同版本，这时候需要创建几个平行空间，也可以理解为分身，就是conda enviroment

conda info --envs
#conda目前有哪些环境，前面加*的就是默认环境

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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#创建一个叫rna-seq的conda 环境，指定python版本为3，并且在此环境中安装fastqc和trimmomatic软件
conda info --evns
#创建完成再次查看环境

image.png

image.png

conda activate rna-seq
#激活新的conda环境，目前默认环境变成rna-seq了
fastqc
#查看该环境中，软件是否安装成功，若显示大段信息，为安装成功

image.png

总结今天的内容，学会linux环境下的conda安装，镜像安装，conda中软件安装和删除，conda环境的使用。注意其中的语言细节，还需要多熟悉，以后才能熟练应用这些命令。