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我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？
GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。
GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。
数据结构
GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件的前8列都是相同的（一些小的差别）
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| reference sequence name | annotation source | feature type | start coordinate | end coordinate | score | strand | frame | attributes |
GFF
GFF文件是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版）（GFF3）。GFF允许使用#作为注释符号，例如很多GFF文件都会使用如下的两行来表明其版本其创建日期：
##gff-version 2
##created 11/11/11
GFF文件每一列所代表的含义前面表格中有，但请注意，它的第3列feature type是不受约束的，你可以使用任意的名称，但也不要太淘气~用一些适当的名称对于后面的分析会有很大的帮助。
我们需要注意的是GFF文件的第9列，从第二版开始(GFF2)，所有的属性都以标签=值的方式呈现，各个属性之间以;作为分隔符
ID=geneAExon1;Name=geneA;Parent=geneA;Organism=human
在最新版本的GFF文件中(GFF3)，有一些是已经预先定义的属性特征，并且这些特征往往还有特殊的含义：ID这个标签实在各行都要有的；另外有一个Parent的属性，它表明了当前的特征是Parent特征的子集。
Contig01 PFAM gene 501 750 . + 0 ID=geneA;Name=geneA
Contig01 PFAM exon 501 650 . + 2 ID=exonA1;Parent=geneA
Contig01 PFAM exon 700 750 . + 2 ID=exonA2;Parent=geneA
GTF
当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准：
- 根据所使用的软件的不同，
feature types是必须注明的。 - 第9列必须以
gene_id以及transcript_id开头
GTF文件的第9列同GFF文件不同，虽然同样是标签与值配对的情况，但标签与值之间以空格分开，且每个特征之后都要有分号;（包括最后一个特征）：
gene_id "geneA";transcript_id "geneA.1";database_id "0012";modified_by "Damian";duplicates 0;
两种文件的差异比较
| 列 | GTF2 | GFF3 |
|---|---|---|
| reference sequence name | same | same |
| annotation source | same | same |
| feature type | feature requirements depend on software | can be anything |
| start coordinate | same | same |
| 5. end coordinate | same | same |
| score | not used | optional |
| strand | same | same |
| frame | same | same |
| attributes | 空格分隔 |
=分隔 |
两种文件格式之间的转换
偷个懒，直接使用Cufflinks里面的工具gffread
#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
