本地blast 用法
最好的办法就是看NCBI官网的介绍:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
摘录一些如下:
哈哈,我找到了昨天没有弄好的PATH ,ncbirc。
这里有一个输出的问题,输出可以选择很多格式
可以参考:http://blog.csdn.net/openhero/article/details/7590586
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1
10 = Comma-separated values
选5的话是xml格式,后续可以用python 解析,来提取需要的内容