遇到的问题：fungene上的氮循环基因narG.hmm数据太老
http://fungene.cme.msu.edu/
如图共5条序列，一致的长度1227
如何自己建一个narG隐马可夫模型呢？pfam数据库
http://pfam.xfam.org/
点击KEYWORD SEARCH, 输入narG
点击PF02665，点Alignments，Format an alignment, 注意格式选择stockholm, generate,
准备工作完成
hmmer下载与安装
http://www.hmmer.org/documentation.html
Easiest way to install HMMER
% brew install hmmer # OS/X, HomeBrew
% port install hmmer # OS/X, MacPorts
% apt install hmmer # Linux (Ubuntu, Debian...)
% dnf install hmmer # Linux (Fedora)
% yum install hmmer # Linux (older Fedora)
% conda install -c bioconda hmmer # Anaconda
Alternatively, briefly, to obtain and compile from source:
% wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
% tar zxf hmmer.tar.gz
% cd hmmer-3.2.1
% ./configure --prefix /your/install/path
% make
% make check
% make install
% (cd easel; make install)
使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件
命令如下：
hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm为输出的HMM模型
大功告成
华丽丽的分割线
pfam上缺少一些蛋白的序列，解决办法，从genebank上下载回来，因为涉及不到大量下载，选择手动自行挑选全长蛋白序列下载
贴一个链接备用，（批量下载的PYTHON 脚本）
http://blog.sina.com.cn/s/blog_9c28d4370102xcrj.html
genebank 上选择蛋白库，搜索对应的蛋白名称，检索
选择细菌、古菌，页面末端，点击send to ，选择FASTA格式，Create ID，下载速度很快
现在完了，去掉header信息中包含 "partial", "uncultured","Candiadtus","Fragment", "candidate"，"Candidatus"的序列，并且根据长度分布情况去掉较短或较长的序列
代码能力强的可以自行解决，我写的太臭，就不展示了
mafft 多序列比对，使用默认参数
mafft filterd.fa >aligned.fasta
HMMER创建HMM模型
hmmbuild globins4.hmm aligned.fasta
