multiqc可以整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。
MultiQC安装及运行
安装：
conda install multiqc
运行：
multiqc可以自动检测到文件中可以整合在一起的文件，运行也很简单。在指定目录下：
multiqc ./
输出的一个.hltm格式的文件是multiqc整合的结果
MultiQC结果分析
绿色区间——质量很好，橙色区间——质量合理。红色区间——质量不好。
绿色区间——质量很好；橙色区间——质量合理；红色区间——质量不好
当峰值小于27时——warning；当峰值小于20时——fail
对所有reads的每一个位置，统计ATCG四种碱基的分布。reads每个位置的颜色显示由4种颜色的比例混合而成，哪一个碱基的比例大，则趋近于这个碱基所代表的颜色。正常情况下每个位置每种碱基出现的概率是相近的。
如果ATGC在任何位置的差值大于10%——warning；差值大于20%——fail
正常的样本的GC含量曲线会趋近于正态分布曲线，曲线形状的偏差往往是由于文库的污染或是部分reads构成的子集有偏差（overrepresented reads）。
偏离理论分布的reads超过15%时——warning；reads超过30%时——fail
当测序仪器不能辨别某条reads的某个位置到底是什么碱基时，就会产生“N”，统计N的比率。正常情况下，N值非常小。
当任意位置的N的比例超过5%——warning；超过20%——fail
当非unique的reads占总数的比例大于20%时——warning; 比例大于50%时——fail
测序深度越高，越容易产生一定程度的duplication，这是正常的现象，但如果duplication的程度很高，就提示可能有bias的存在
>5%——warning；>10%——fail
以上就是质量评估MultiQC及结果分析的所有内容
参考：https://www.youtube.com/watch?v=qPbIlO_KWN0
//www.greatytc.com/p/85da4dcc6020
