bed文件操作

1.bed 排序

  • 第1列按照染色体编号进行排序,排序后应该是chr1, chr2, chr4, chr5, chr10, chr20, chrX. 使用-V
  • 第2列和第3列按照数字序进行排序。使用-n
sort -t $'\t'  -k1,1V -k2,2n -k3,3n  bed > sort.bed

其中-k选项是指定第几列

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容

  • Python面对对象封装 1.1 面向过程和面向对象 根据操作数据的函数或语句块来设计程序的过程,叫做面向过程编程...
    Newthan阅读 203评论 0 0
  • 面向对象——封装 一、概述 Python面向对象的三大特性:封装、继承和多态。 封装:在类中对数据的赋值、内部调用...
    冬日里的月光阅读 282评论 0 0
  • 封装:将一堆零碎的东西封箱装起来! 为什么需要封装?封装的作用和含义? 比如:①我要看电视,只需要按一下开关和换台...
    云Shen不知处阅读 312评论 3 0
  • 封装演示01 前面两种封装方法对于数据的安全保护不够强烈,应为对象可以直接通过objeect.name='like...
    maxlike阅读 332评论 0 0
  • 这是16年5月份编辑的一份比较杂乱适合自己观看的学习记录文档,今天18年5月份再次想写文章,发现简书还为我保存起的...
    Jenaral阅读 2,869评论 2 9