参考:https://blog.csdn.net/zx_zhang01/article/details/120222212
NCBI下载sratoolkit
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
下载后直接解压就好,我直接放在E盘根目录下。配置系统环境变量
快捷键win+R,输入sysdm.cpl,打开配置path,点击环境变量,再点击系统变量的path,点击新建,把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去,最后点击确定。测试(配置)
快捷键win+R,输入cmd打开命令行,输入E:,进入E盘,再cd 文件名,进入存放sratoolkit的目录
输入bin\prefetch.exe -h,可以查看prefetch是否正常运行,我一开始是报错的,显示要我配置。
输入vdb-config --interactive,出现配置界面,Tab和Enter操作,一定要配置资源存放位置,Aws下的report cloud instance identity前打X。两次Esc退出
运行bin\prefetch.exe -h,显示帮助信息,就是安装成功。
下载
从ncbi的sra数据库搜索想要的序列号
bin\prefetch SRRxxxxxx
等待下载完成就好
如果下载数据量过大
bin\prefetch --max-size 50G(比你的数据大一些)SRRxxxxxx格式转换
双端(生成-1-2两个文件)
bin\fastq-dump --split-3 --gzip SRRxxxxxx
单端
bin\fastq-dump --gzip SRRxxxxxx