2020-12-16

转载:留着自己以后看
workflowr简介

我们知道在win或者Linux上将自己的脚本上传到GitHub上我们可以通过Git插件轻松完成,那么在R上我们也可以做到将R脚本或者R markdown上传到GitHub上,并且以网页形式展现。通过R包 workflowr可以完成上传任务

想要达成这一功能的必要条件是:1.Rstudio;2.pandoc;3.Git

然后注册自己的GitHub账号就可以了

workflowr使用说明

1.安装

install.packages("workflowr")

这个包在CRAN上,直接安装即可

2.连接到GitHub

library("workflowr")#第一次连接wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "@qq.com")#更换账号wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "2461670636@qq.com",overwrite = T)

这样就连接成功了

2.创建repository

wflow_start("project")

这样我们就在对应文件夹下创建了project子文件夹

该工作流程特定的配置文件是_workflowr.yml。它将对所有R Markdown文件一致地应用到工作流重复性检查。另外最关键的设置是knit_root_dir,通过修改其设置,能确定将在其中执行文件的目录是analysis/。默认设置是在项目的根目录_workflowr.yml(即".")中执行代码。要改为从analysis/中执行代码,请将设置更改为knit_root_dir: "analysis"

在可选的目录是data/,code/和output/。这些目录是推荐用来更好的管理整个项目的,但是如果你觉得它们没有用,可以将其删除。

data/:此目录用于存储原始数据文件。

code/:此目录用于可能不适合以R Markdown格式的代码(例如,用于预处理数据或长时间运行的代码)。

output/:此目录用于处理的数据文件以及从代码和数据生成的其他输出。

该目录中的该.Rprofile文件是常规的R脚本,在打开项目时运行一次。它包含调用library("workflowr"),确保每次打开workflowr程序项目时自动加载工作流程序。

3.构建网页

wflow_build()

并且出现界面:

查看站点:

wflow_view()

4.发布网页

(1)查看项目状态

wflow_status()

此时显示出整个项目的状态,一共有3个以Rmd结尾的文件

wflow_publish(c("analysis/index.Rmd","analysis/about.Rmd","analysis/license.Rmd"),"Publish the initial files for myproject")

紧接着将这3个文件publish

Summaryfromwflow_publish**Step1:Commitanalysis files**Nofiles to commit**Step2:BuildHTMLfiles**Summaryfromwflow_buildSettings:clean_fig_files:TRUEThefollowing were built externally eachintheir own freshRsession:docs/index.htmldocs/about.htmldocs/license.htmlLogfiles savedin/tmp/Rtmp8kxQNC/workflowr**Step3:CommitHTMLfiles**Summaryfromwflow_git_commitThefollowing was run:$ gitadddocs/index.html docs/about.html docs/license.html docs/figure/index.Rmddocs/figure/about.Rmddocs/figure/license.Rmddocs/site_libs docs/.nojekyll  $ git commit-m"Build site."Thefollowingfile(s)were includedincommit8d38136:docs/about.htmldocs/index.htmldocs/license.htmldocs/site_libs/bootstrap-3.3.5/docs/site_libs/highlightjs-9.12.0/docs/site_libs/jquery-1.11.3/docs/site_libs/navigation-1.1/

5.部署网站

wflow_use_github("Githubname")#push到远端wflow_git_push()

之后再你的GitHub上部署网站,填写相应的GitHub的用户名,最后push到GitHub上去

参考://www.greatytc.com/p/653790f000d0

作者:小潤澤

链接://www.greatytc.com/p/1f8f39a93dd7

来源:简书

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