在我的Rust第一课, 我写了一个程序对fasta中的ATCG进行计数。后面，我就想到一个非常常见的需求，对文件进行读取，统计行数，类似于 wc -l
下面是我写的第一个版本的代码, 我命名为myRead.rs
use std::io::BufReader;
use std::fs::File;
use std::env;
use std::io::BufRead;
fn main() -> std::io::Result<()> {
let args: Vec<String> = env::args().collect();
let filename = &args[1];
let f = File::open(filename)?;
let reader = BufReader::new(f);
let mut line_num = 0;
for _line in reader.lines() {
line_num += 1
}
println!("{}", line_num);
Ok(())
}
然后用rustc进行编译
rustc myRead.rs
接着我用一个记录cdna的fasta文件（约300MB)，进行测试，耗时约5.6秒
time ./myRead Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa
# 5.50s user 0.13s system 99% cpu 5.647 total
同样，我写了5行python脚本进行比较
import sys
count = 0
for line in open(sys.argv[1]):
count += 1
print(f"line number {count}")
python代码不到1秒就完成了任务
time python ./read_file.py Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa
# 0.75s user 0.16s system 99% cpu 0.904 total
看到这个结果我直接震惊. Rust的运行速度居然比Python慢了6倍左右。经过高强度的检索，终于被我找到了靠谱的答案， BufReader 100x slower than Python — am I doing something wrong?
总结下原因就是
- 默认的优化不行，对于
rustc需要设置-C opt-level=2或者等价的-O, 对于cargo则是设置--release -
.lines()会为每一行都重新分配内存，因此不仅仅是处理UTF-8的问题。
根据第一个建议, 我重新用rustc编译了代码, 速度直接超过了Python
rustc -O ./myRead.rs
time ./myRead Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa
# 0.51s user 0.12s system 72% cpu 0.874 total
根据第二个建议，重新写了如下代码
use std::fs::File;
use std::env;
use std::io::Read;
fn main() {
let args: Vec<String> = env::args().collect();
let filename = &args[1];
let mut file = File::open(filename).unwrap();
let mut lines = 0;
let mut buf = [0u8; 4096*32];
while let Ok(num_bytes) = file.read(&mut buf) {
if num_bytes == 0 { break; }
lines += buf[..num_bytes].iter().filter(|&&byte| byte == b'\n').count();
}
println!("line number {}", lines);
}
使用 rustc -O编译后，运行速度又提升了2倍。
实际上，对于我这个Rust初学者，只需要记住Rust程序在编译的时候要设置优化参数, 进一步的优化代码，一时半会我还看不懂。
