二代一些过滤软件

fataqc后可能需要对reads进行过滤
看文献总结一些相关软件
fastqmcf (v1.0)

image.png

TrimGalore

image.png

参考
//www.greatytc.com/p/8af59c56e879
cutadapt 软件可以对NGS数据进行质量过滤
FastQC 软件可以查看NGS数据的质量分布
trim_galore 将这两个软件封装到一起，使用起来更加方便

比较推荐的 一款 能自动检测接头 自动去掉不好的reads 自动生成检测报告
fastp

• 人面猴

  序言：七十年代末，一起剥皮案震惊了整个滨河市，随后出现的几起案子，更是在滨河造成了极大的恐慌，老刑警刘岩，带你破解...

  沈念sama阅读 216,402评论 6赞 499
• 死咒

  序言：滨河连续发生了三起死亡事件，死亡现场离奇诡异，居然都是意外死亡，警方通过查阅死者的电脑和手机，发现死者居然都...

  沈念sama阅读 92,377评论 3赞 392
• 救了他两次的神仙让他今天三更去死

  文/潘晓璐 我一进店门，熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来，“玉大人，你说我怎么就摊上这事。” “怎么了？”我有些...

  开封第一讲书人阅读 162,483评论 0赞 353
• 道士缉凶录：失踪的卖姜人

  文/不坏的土叔 我叫张陵，是天一观的道长。 经常有香客问我，道长，这世上最难降的妖魔是什么？ 我笑而不...

  开封第一讲书人阅读 58,165评论 1赞 292
• 港岛之恋（遗憾婚礼）

  正文 为了忘掉前任，我火速办了婚礼，结果婚礼上，老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己，他们只是感情好，可当我...

  茶点故事阅读 67,176评论 6赞 388
• 恶毒庶女顶嫁案：这布局不是一般人想出来的

  文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着，像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上，一...

  开封第一讲书人阅读 51,146评论 1赞 297
• 城市分裂传说

  那天，我揣着相机与录音，去河边找鬼。 笑死，一个胖子当着我的面吹牛，可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播，决...

  沈念sama阅读 40,032评论 3赞 417
• 双鸳鸯连环套：你想象不到人心有多黑

  文/苍兰香墨 我猛地睁开眼，长吁一口气：“原来是场噩梦啊……” “哼！你这毒妇竟也来了？” 一声冷哼从身侧响起，我...

  开封第一讲书人阅读 38,896评论 0赞 274
• 万荣杀人案实录

  序言：老挝万荣一对情侣失踪，失踪者是张志新（化名）和其女友刘颖，没想到半个月后，有当地人在树林里发现了一具尸体，经...

  沈念sama阅读 45,311评论 1赞 310
• 护林员之死

  正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡，尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...

  茶点故事阅读 37,536评论 2赞 332
• 白月光启示录

  正文 我和宋清朗相恋三年，在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...

  茶点故事阅读 39,696评论 1赞 348
• 活死人

  序言：一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡，死状恐怖，灵堂内的尸体忽然破棺而出，到底是诈尸还是另有隐情，我是刑警宁泽，带...

  沈念sama阅读 35,413评论 5赞 343
• 日本核电站爆炸内幕

  正文 年R本政府宣布，位于F岛的核电站，受9级特大地震影响，放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜，却给世界环境...

  茶点故事阅读 41,008评论 3赞 325
• 男人毒药：我在死后第九天来索命

  文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹，春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...

  开封第一讲书人阅读 31,659评论 0赞 22
• 一桩弑父案，背后竟有这般阴谋

  文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至，却和暖如春，着一层夹袄步出监牢的瞬间，已是汗流浃背。 一阵脚步声响...

  开封第一讲书人阅读 32,815评论 1赞 269
• 情欲美人皮

  我被黑心中介骗来泰国打工， 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道东北人。 一个月前我还...

  沈念sama阅读 47,698评论 2赞 368
• 代替公主和亲

  正文 我出身青楼，却偏偏与公主长得像，于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子，可洞房花烛夜当晚...

  茶点故事阅读 44,592评论 2赞 353

推荐阅读更多精彩内容

• 跟着NAR学数据分析：利用二代测序数据估计拟南芥基因组大小

  论文 Pushing the limits of HiFi assemblies revealscentromer...

  小明的数据分析笔记本阅读 372评论 0赞 5
• 纯二代测序从头组装基因组

  基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表...

  xuzhougeng阅读 30,056评论 3赞 122
• mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipeline

  mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal！ 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的...

  ZZZZZZ_XX阅读 7,976评论 2赞 38
• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

  Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二） 收藏|北大生信...

  生信宝典阅读 1,281评论 0赞 2
• 全外显子测序数据分析

  TITLE: 全外显子测序数据分析AUTHOR: Shuntai Yu [TOC] 外显子是形成mRNA后剪接...

  余顺太阅读 14,997评论 0赞 25