大家有时候使用注释工具返回GO结果的时候,可能只有GO号或者对于这个生物过程的描述,那么如何查询GO号和terms的对应关系呢?
这里我们提供两种方法
quickGO:在线查询GO和GO注释信息的网站
quickGO是EMBL-EBI发布的网站,通过该网站,可以快速的查询Go Terms和Go注释相关信息,
https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
查询GO号和对应注释的网站
该网站搜索时支持自动联想
R包一键查询
除此以外还可以使用R代码
library(GO.db) #加载包
goterms <- Term(GOTERM)
GOlist=as.data.frame(goterms) #需要转化成为数据框的形式才可读
#GOlist 就是我们想要的结果
可以按需查询自己需要的通路。
一点补充的小知识
GO
GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。
Pathway
Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实验条件下显著改变的代谢通路,在机制研究中显得尤为重要。
GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子,而pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。