经常收到粉丝反馈，自己报了几千块的培训班，结果还不如我挂在B站的视频，怎么说呢，想学单细胞的同学可以先看看我的视频，反正是免费看的，为什么不刷刷呢：
离最开始做单细系列课程已经过去两年多啦。本意是希望能够帮助大家降低一些学习门槛，少走些我走过的弯路。没想到的是，播放量越增越快，导致我不更完很难收场。目前我们的各类单细胞数据分析的视频课程基本都排在B站对应词条的头名，最高的课程播放量已经超过二十万啦，播转粉在知识区也是遥遥领先~收获了小伙伴们很多的好评与硬币[图片上传失败...(image-eb3160-1736479422279)]
。
如果说你还没有看过这些视频，可就太可惜了，如果你看过这些课程并觉得Biomamba给你节省了科研经费/科研时间、为你提供了小小的帮助，那么欢迎大家在撰写Manuscript或毕业论文时加上这么一小段：
Since Biomamba and his wechat public account team produce bioinformatics tutorials elaborately and share code with annotation, we thank Biomamba for their guidance in bioinformatics and data analysis for the current study.
《手把手教你做单细胞转录组测序数据分析》(目前所有的单细胞视频教程都更新在这一合辑中)
https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z?p=1
《细胞通讯》
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1
《拟时序分析》
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1
《SCENIC单细胞转录因子预测》
https://www.bilibili.com/video/BV1Mg4y1c7wU/
《scFAST-seq单细胞全序列分析教程》
https://www.bilibili.com/video/BV1F94y1879j/
认真学完下面的内容，3~10分的SCI理应是囊中之物(当然也不要真的去水文章)
单细胞系列教程目录
单细胞数据分析系列教程：
B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅：scRNA-Seq学习手册2023_R语言版
scRNA-Seq学习手册Python版
单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析|1.绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析|2.各类数据结构与读取方法手把手教你做单细胞测序数据分析|3.单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|4.多样本整合
手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释，从入门到入土手把手教你做单细胞测序数据分析|6组间差异分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|7基因集富集分析
Seurat中分类变量处理技巧
沉浸式统计细胞比例
单细胞图片改造计划：改造单细胞降维图| 1.DimPlot的探索 改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY
改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制
改造单细胞降维图| 4.一些造好的轮子
沉浸式统计细胞比例
改造单细胞FeaturePlot
VlnPlot用法及ggplot复现
VlnPlot的ggplot改造
SCENIC转录因子分析：SCENIC单细胞转录因子预测|1.绪论 SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册
SCENIC单细胞转录因子预测|3.软件安装与数据准备
SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程
SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon
SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分
SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化
SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维
SCENIC单细胞转录因子预测|9.下游探索
上游fastq文件处理： 单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunnerCellranger报错：Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...
BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程
细胞通讯B站连续播放起来比较方便： https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1往期推送《细胞通讯》1.概论《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程
《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
《细胞通讯》CellChat学习手册
拟时序分析B站连续播放起来比较方便： https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1往期推送《拟时序分析》1.概论
《拟时序分析》2.monocle概论《拟时序分析》3.monocle2实操：精简版拟时序
《拟时序分析》4.monocle2实操：完整版
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析
解决monocle2的orderCells报错的两种方法
一文搞定拟时序分析的下游可视化探索
scFAST系列scFAST分析| 01.绪论
scFAST分析| 02.单细胞分析准备工作
scFAST分析| 03.fast模块
scFAST分析| 04.Seurat分析及可视化
scFAST分析| 05.mut模块
一文学会scFAST-seq数据分析
其他单细胞相关技术贴也在这里：scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版快速上手Seurat V5单细胞Figure 1常见图表细胞的数量由誰决定？单细胞中应该如何做GSVA？答读者问（三）：单细胞测序前景答读者问（四）：如何分析细胞亚群答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?
答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？
答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？
给你安排一个懂生信的工具人（十）：不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析：Loupe Browser
什么？不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润？
答读者问 （十三）查看Seurat对象时的ERROR：type='text'
各类单细胞对象（数据格式）转换大全（一）批量整理好GEO中下载的单细胞数据答读者问 （十五）稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策
答读者问 （十六）做单细胞测序到底需要多少内存答读者问 （十七）调用的线程越多就算的越快嘛?
答读者问（十八）、一个我至少被问过30遍的monocle报错没有barcode文件的单细胞数据要怎么读取
单细胞基因集评分之AUCell
粉丝来稿|1. Seurat4相较于Seurat3的几点改动
如何加快Seurat的计算速度
一文搞定单细胞基因集评分答读者问（二十）四个单细胞样本只给了一套文件怎么读
人类单细胞测序数据中有哪些以"**-"开头的基因
为什么总把分辨率调的很高
Seurat中如何让细胞听你指挥
答读者问| 22.object 'CsparseMatrix_validate' not found
单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办？这个神包来帮你！
单细胞分群分辨率选择困难症
一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析
一文掌握十个单细胞数据库
如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？
单细胞文献阅读：测序技术的发展与应用Biomamba助推的第二篇文章!发表了！又来了！Biomamba生信基地助推的第四篇文章!
单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化 Cell metabolism| 单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异
Science| 小鼠全肾单细胞测序开篇之作
一篇不花钱就能白嫖的文章
不会吧不会吧，Nature都能白嫖？
高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱
IgAN & STRT-Seq
老树开新花—EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq
癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生
紧跟生信"钱"沿,胰腺癌&免疫多模态图谱
原发头颈癌和肿瘤转移微生态
《Cell Metabolism》：肾脏疾病&代谢&核受体ESRRA
《Nature communication》：PD-1&急性髓细胞性白血病&T Cell
单细胞测序揭示鼻咽癌微环境的基质动力学和肿瘤特异性特征
《Nature》：MYB调控衰竭性T细胞对检查点抑制的响应单细胞都能活检测序了？
文献阅读(二十九)、单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇
文献阅读(三十)、单细胞测序做到什么程度能毕业|博士篇2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|小鼠篇
2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇
2023年了, 都哪些物种有scRNA-Seq数据终于读到一篇用monocle3做拟时序的文章
单细胞转录组+亚细胞空间代谢组=25分文章
酸了，六个样本的scRNA-Seq+差异分析=9分文章自测scRNA-Seq+scWGBS=3分三区文章？
百万级单细胞多组学数据集成空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼
<IF=27.4> IgG4相关性疾病中颌下腺和血液中的细胞和分子改变
微生物组研究技术——微生物也能做单细胞
scRNA-Seq+WGCNA+铁死亡：IF=9.69
《Nature》: 单细胞解析大脑感知流感过程
两万字长文|当前单细胞 RNA-seq 分析的最佳实践
数百万级单细胞数据时代的多组学分析
《Nature Methods》: NiCheNet, 能够考虑到胞内转录调控的细胞通讯软件
基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究
自测蛋白质组+Bulk RNA-Seq & 挖掘scRNA-Seq=13.6分JASN
非监督式聚类在scRNA-Seq应用中的挑战
Seurat V5的《Nature Biotechnology》
当空转遇上单细胞~
人类肾脏参考组织图谱
有免疫特征的基质细胞，有没有可能是双细胞？
CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱
临床样本+单细胞+空转=IF4.8？
鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
单细胞注释复写单细胞注释复写(一):Human Fetal Kidney单细胞注释复写(二): human colorectal
单细胞复写|3.急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析实战(链接重置)
单细胞复写|4. GSE157783数据集复现及差异分析
CellRank的教程重现
人类肾脏scRNA-seq图谱
小鼠纹状体单细胞基因变化图谱
T Cell单细胞参考图谱
MLP模型鉴定免疫细胞发育和瘤内T细胞耗竭的单细胞染色质图谱
干细胞样CD4+ T细胞与自身免疫性血管炎
小鼠与人类的空间表观单细胞图谱
人类肾脏scRNA-seq图谱
胰腺导管腺癌的内异质性和恶性进展scRNA-seq图谱
肝脏发育、成熟的单细胞图谱
微环境中肿瘤免疫屏障决定了免疫治疗的效果
scRNA揭示T1D骨髓与骨质减少的关系
肝癌单细胞分群marker
胶质瘤相关巨噬细胞scRNA图谱
人类乳腺癌scRNA-seq数据
肢端黑色素瘤细胞scRNA-seq图谱&免疫治疗
皮质神经注释复写
非小细胞肺癌免疫治疗后肿瘤微环境重塑scRNA图谱
小鼠脑动脉瘤模型的scRNA-Seq分析
儿童白血病的单细胞数据读取
疟疾中免疫细胞亚群的调控响应
硬件准备： 生信分析为什么要使用服务器？
有root权限的共享服务器,报我名字立减200￥
独享服务器，生信分析不求人
为实验室准备一份生物信息学不动产
