1 安装Pymol使用Python编写的，所以在安装该软件之前，要把python先安装好。

注意，安装过程中最好不要修改路径，直接默认安装就好。

分为两个界面，一个是图形界面，一个是命令行。

2 可直接将蛋白分子和配体在pymol直接可视化；

3 可以点击右下角的S，看一下这个氨基酸和输出配体的序列；右边的键用来更改图片的界面，其中A为action; S为show; H为hide; L为label; C为color；这几个键可以用来更改图形界面的展示，标签和颜色等等，自己可以尝试下；

4 为了便于观察可以输入命令remove solvent 移除水分子，当然也可以在序列中直接删除;

5 现在是line显示，为了方便观看可以将蛋白改为cartoon，配体改为stick形式；

6 更改背景颜色和透明度（可选择性更改）；

7 新建对象 这也是pymol作图中一个十分常用的功能；就是将蛋白中某个残基或者其他单独复制出来；举例随便选择若干残基，点击A-copy to object即可

8 发现氢键作用力，选择小分子配体，点击A-find-polar contacts-to any atoms即可，其中黄色部分即为氢键作用力；

9 用ray和save命令渲染和保存

10 surface显示也是经常被选择，可以点击show as surface进行

好了，以上介绍的就是pymol绘图中基本的操作，正式的操作还是要根据自己的喜好就行作图，本次只是进行一个简单的演示。如果涉及到其他的高级功能，就需要在网上下载脚本啦。今天的介绍就到这里了，有问题可以关注木初，或者留言，谢谢大家。