世界上大多数民族基本都能说出自己的祖先是谁，只有日本例外。日本人的起源是人类学史上最复杂的问题之一。多年来，日本学者一直持续对我国苗族展开研究。该国学界称日本文化起源之一就有中国的苗族；还有人认为，日本人的祖先是秦始皇派方士徐福找仙药时带出去的三千童男童女。
这个说法被国内的“愤青”们认为纯属无稽之谈，他们反感小日本这种“拉关系、找退路的阴谋举动”，他们还提醒广大网友，“千万别被其言行所分裂和瓦解”。（国人因为历史上受过日本的伤害，对待这个问题心理上一直很复杂。在国人的印象中，日本人吃生鱼、活虾，有的都感染上寄生虫了……那是一个嗜血的民族哇，怎么可能跟我大华夏文明有任何瓜葛呢？）
据报载，进入上世纪八十年代后，日本学者发现，中国西南地区的贵州省台江县为苗族聚居地，当地苗族妇女的头饰及其传统民族服饰跟日本妇女的头饰、和服很是相像。这一发现引来日本民俗专家纷纷组队到台江进行实地考察，称这是文化寻根之旅。
他们认为日本人的祖先跟贵州的苗族有很多相似之处，包括一些苗语（比如蒙正苗语）某些词汇的发音，和日语很相似。还有房屋（干栏式建筑）、水稻耕作、斗牛、穿草鞋、打年糕等习俗等，都有相同点。有的学者还由此得出日本人的祖先就是贵州苗族的说法。
传说苗族是九黎部落首领蚩尤的后裔，蚩尤被黄帝打败后，九黎部落中有一支被迫离开黄河流域逃到江南地区成为百越，一支逃往西南山区成为苗蛮，有的零星分支可能来到东海边，借助船只远走朝鲜半岛或日本岛。
但人种之间的亲缘关系远近，首先在于遗传基因的相似程度，其次在于语言逻辑的相似程度，再次才是其他文化因素。从语言上来说，汉藏苗瑶语系的语言逻辑是“主谓宾”，而日语却跟壮傣语系相似，为“主宾谓”结构，这一点跟苗语相去甚远，词语上的相似性就更少。
有的专家通过日本历史上存在的衣饰情况跟现存的苗族服饰文化进行对比，来探索苗日两民族在历史上是否有直接接触。
从遗传基因来说，苗族与汉族有很多相似性，两个民族的主体基因是相同的；苗汉文化中有太多一致之处（比如拉鼓节）。可以说汉族就是北三苗。而秦人（汉族）去了日本，等于日本只是间接跟苗族有了接触。但苗族基因与日本人相距甚远。即使都属于黄种人，至少也分化很久了。
从其他文化因素来说（比如服饰、崇拜、习俗、房屋等），两国文化在学习交流中，潜移默化的影响是自然的，往往不能说明什么。比如信奉佛教的各个民族都具有一些相似习俗，但并不能因此就认为他们跟释迦牟尼家族有亲缘关系。
作为一衣带水的邻邦，日本在语言、风俗、文化上受到我国影响是不奇怪的。据说，日本也有和我们彝族相似的火把节，日本学者为此考证过，得出中国是他们的祖源这个结论。其实这个说法也有些牵强。
进入隋唐后，日本十三次派遣唐使到中国学习先进文化和典章制度。吉备真备、阿倍仲麻吕和晁衡是留学生中的优秀者。唐朝，鉴真六次东渡扶桑才成功到达，带去了天文、历法、建筑、医学和宗教知识。日本京都的城市规划格局、建筑风格和中国古都长安、洛阳如出一辙。日本的文字有的是照搬汉字；有的是仿照汉字的偏旁部首创造成片假名和平假名。直到现代，日本还保留着中国唐朝时的风俗。但也不能因此说日本人就是中国人的子孙。
日本人种的组成成分中，汉族所占比例其实非常小，且来源漫长。华夏历代都有东渡扶桑的移民小群体。传说，周文王的伯父吴太伯放弃了王位，带领家人和随从东渡日本，生存繁衍，形成了后来的大和民族。但考据已经湮灭了。
东瀛岛国至今还能发现存有秦人文化。《史记》记载，秦始皇派徐福带领三千多人的船队东渡入海。传说徐福到了日本，带去了先进的生产技术和文化知识，和日本土著一起形成了现在的日本民族。日本现存徐福之墓，墓碑上记载了徐福的功绩及其东渡经过。据考证，现在日本皇室至宝“传国三重器”也制造于秦朝。
传说春秋战国时期，勾践后期灭了吴国，吴人四散逃命，有一支吴人漂洋过海到了扶桑岛国。之后，楚又灭越国；秦再灭楚国，也可能导致拥有初步航海技术的越人、楚人跨海逃亡到日本，参与构成了日本文化。在秦始皇征服六国及秦汉易代的战争年代，很多国人为了逃避战乱，逃到朝鲜。有一部分人则先到朝鲜后来又去了日本。
不管上述说法是真是假，有一点必须明确：中国人登岸之前，日本列岛已经有人居住上千年了。日本的考古发掘也证实了这一点。
在远古时期，“国家”这个概念都还没有出现，东亚人群或许有过流动迁徙，但那时并没有中华与外邦的说法。进入信史阶段，从春秋战国起，华夏各民族为躲避战乱，有一部分跨海进入东瀛九州岛。他们带去了先进的文化知识和耕作技术，日本史上称之为“归化人”，而把土著居民称为“绳纹人”。但也不能因此将日本人称做中国人的后代。
证明人种源流，是复杂的系统课题。基因证据、文化证据、语言学证据、人类体质学证据、考古实物等缺一不可。所以说，苗族与日本民族历史上是否有渊源关系，还有待进一步研究。
近年引起日本民俗家关注的还有最后一个枪手部落——位于贵州省从江县月亮山麓林海的岜沙苗寨，那里至今还保留着佩戴火枪、镰刀剃头、祭拜古树等习俗（岜沙人是国内唯一合法持枪人。岜沙人持枪已获得公安机关的特别许可）。
岜沙男人崇尚武力，常年挎着腰刀，扛着火枪上山打猎。他们头上挽着发髻，理发用的是镰刀，只剃掉头部周边的头发，把余下中部的头发盘成鬏髻，并终生保持这个发式。
曾经有日本民俗学家来到贵州寻根，他们对岜沙人十分感兴趣。他们发现，岜沙人和日本武士的装束几乎一样，所以，很多人认为岜沙人是日本人的祖先。
岜莎人被归入苗族民族系列，但他们并不是苗族，而是百越的后代。族人们都姓衮，其实就是大鲧后裔。（经考证，大概与日本大和族成分一致。）
上世纪八十年代，日本的文化寻根热方兴未艾，现代日本人一直在苦苦寻找祖先之源的发端，但可悲的是，大半只能靠推测、猜想。
日本归于汉文化圈，不但文化上与华夏有相似点，人种基因是否也与华夏民族有联系呢？如果有，那他们的祖先又源于远古华夏的哪个部族呢？又是何时东渡扶桑的呢？
日本的大和文化跟我华夏文明不能说毫无渊源。汉唐时期，日本更是深受我汉风唐雨之浸润，如果深入挖掘两国不同地域、民族之间的史料，仍会有一些惊人的发现。
有研究表明，日本民族的形成和世界上其他的一些民族一样，可能是一个多民族融合的过程。日本的土著民族、中韩移民以及其他外来人口共同塑造了这个民族。
