1.SAM（sequence alignment map）format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments.
短片段序列与参考序列的比对（mapping）的结果，存储核苷酸序列比对的通用格式 。
2.BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format.
二进制文件主要是为了节约空间，计算机机可读。可以用samtools实现sam和bam文件之间的转化。
二者都是fastq文件经过序列比对或者mapping后输出的格式，储存的信息一致。
组成： 注释信息（header section）、比对结果（alignment section）
（1）注释信息可有可无，都是以@开头，用不同的tag表示不同的信息。
@HD，说明符合标准的版本、对比序列的排列顺序；
@SQ，参考序列说明；
@RG，比对上的序列（read）说明；
@PG，使用的程序说明；
@CO，任意的说明信息。
（2）详细比对：11个tab隔开的字段
第一列：QNAME查询序列（短片段reads）的 名称
第二列：Flag（以整数来表示比对的结果，数值也可以是下列数或他们的组合 ）
1 序列是一对序列中的一个
2 比对结果是一个pair-end比对的末端
4 没有找到位点
8 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点
16 在这个比对上的位点，序列与参考序列反向互补
32 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补
64 序列是 mate 1
128 序列是 mate 2
如果以上情况都不符合则默认为0
推荐强大的Flag含义解释工具：https://www.plob.org/article/1697.html
第三列：RNAME 参考序列名称，如染色体编号。没比对上则显示*
第四列：POS 比对的起始位置，没有比对上则为0
第五列：MAPQ 比对质量。数字越大，特异性越高。但值为255是指比对质量不可用
第六列：CIGAR 简要比对信息表达式（Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report）
即比对的详细情况， 记录插入，删除，错配，后剪切拼接的接头 。以参考序列为基础，使用数字+字母表示比对结果。
第七列：RNEXT ，双端测序中下一个reads比对的参考系列的名称。“＊”是完全没有比对上，“＝”代表完全比对
第八列：PNEXT 如果是双端测序，是指另一端匹配到参考基因组的位置，如果设置为0，那么该列不可用
第九列： TLEN Template的长度，最左边得为正，最右边的为负，中间的不用定义正负，不分区段（single-segment)的比对上，或者不可用时，此处为0；
第十列：SEQ序列片段的序列信息，如果不存储此类信息，此处为’*‘，注意CIGAR中M/I/S/=/X对应数字的和要等于序列长度；
第十一列：QUAL序列的质量信息，格式同FASTQ一样。
第十二列：可选字段 格式：TAG:TYPE:VALUE TAG是两个大写字母，每个TAG代表一类信息。TYPE代表TAG对应值的类型（字符串、数组、字节等）
AS:i 匹配的得分
XS:i 第二好的匹配的得分
YS:i mate 序列匹配的得分
XN:i 在参考序列上模糊碱基的个数
XM:i 错配的个数
XO:i gap open的个数
XG:i gap 延伸的个数
NM:i 经过编辑的序列
YF:i 说明为什么这个序列被过滤的字符串
YT:Z
MD:Z 代表序列和参考序列错配的字符串
学有余力的话可以选读：
2相关资料
https://blog.csdn.net/u012150360/article/details/70556186
https://www.cnblogs.com/emanlee/p/5366610.html
官网：http://samtools.sourceforge.net/
UCSC 上对BAM Track Format介绍：www.genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bam.html
应用实例：https://wikis.utexas.edu/display/CoreNGSTools/SAM+format+and+samtools
Samtools参考文献：The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools
详细解释： http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM
SAM格式解释及specification介绍： http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM
能利用或产生SAM/BAM的NGS软件：http://samtools.sourceforge.net/swlist.shtml
