RepeatMasker安装及使用

下载地址：http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/

gunzip RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
tar xvf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz

下载 RepBase：www.girinst.org

cp RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz /path/RepeatMasker
cd /path/RepeatMasker
gunzip RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
tar xvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
rm RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz

编译RepeatMasker

./configure=/path/RepeatMasker #按照指示填依赖软件的路径即可

运行RepeatMasker

RepeatMasker  -pa 8 -species "Saccharomyces cerevisiae" -dir . -html -gffgenome.fasta
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