Linux笔记
Linux系统相关
- Linux文件系统
- Linux环境变量
- Linux设定定时程序
- Linux文件操作
- Linux重定向和管道命令
- Linux手动编译软件
- grep的用法
- Linux创建账户并赋予管理员权限
- Linux更改用户/组id
- Linux挂载命令mount详解
- Linux修改MAC地址
Linux软件
- 终端复用神器tmux的使用
- anaconda3的安装和使用
- jupyter notebook的安装和使用
- Linux安装JupyterLab
- conda打包环境并迁移
- 使用jupyter nbconvert后台执行jupyter notebook
环境配置笔记
Linux相关
- CentOS 7升级gcc版本
- yum安装软件报错lvm.LibLVMError: (0, '')
- linux编译编译错误‘GLIBCXX_3.4.20’ not found
- linux升级cmake
- Ubantu安装深度学习环境全记录
R语言相关
- R语言安装外源包编译报错：‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode
- R语言安装外源包编译报错：Error 127
- hdf5r安装时遇到的无数的坑
- Monocle3的安装
- SeuratData包InstallData()无法安装数据集
- 安装stringi, stringr报错whether the C++ compiler supports the long long type... no
- Rstudio-server升级R版本
- 常用的R配置文件
- R装包报错：libicuuc.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
其他
- conda安装软件报错InvalidVersionSpecError: Invalid version spec: =2.7
- 在本地映射服务器的端口
- adata.write报错ValueError: '_index' is a reserved name for dataframe columns.
单细胞笔记
测序技术
scRNA-seq分析
- tSNE和UMAP
- scRNA-seq去除批次效应的方法总结
- Seurat v4新特性
- inferCNV的使用
- Seurat中寻找差异基因的方法
- 轨迹推断之Monocle3
- 轨迹推断之RNA velocity
- 细胞通讯介绍
- 细胞通讯之CellphoneDB
- 细胞通讯之CellChat
- 10x Genomics上游数据处理（Cell Ranger的使用）
scATAC-seq分析
- scATAC-seq介绍
- scATAC-seq测序方法和数据分析
- scATAC-seq的应用
- scATAC-seq上游数据处理
- SHARE-seq 处理fragment文件流程记录
- Signac::GeneActivity()函数源码解读
- scATAC-seq的细胞注释工具AtacAnnoR
- 10x Genomics scATAC-seq上游数据处理（Cell Ranger ATAC的使用）
- 分享两篇深度分析scATAC-seq计数矩阵方法的好文
常用代码
单细胞相关代码
R语言相关代码
Linux相关代码
生信代码
算法笔记
机器学习相关
统计学相关
大模型笔记
生物笔记
基因组学相关知识
免疫学相关知识
生信笔记
bulk转录组数据分析
- NCBI下载SRR并转为fastq文件
- 转录组下游分析之1：转录本定量方法RPKM、FPKM 、TPM和CPM
- 转录组下游分析之2：样本间Spearman相关分析
- 转录组下游分析之3：PCA分析
- 转录组下游分析之4：差异分析
- 转录组下游分析之5：富集分析
- 转录组下游分析之：WGCNA
- TCGA数据下载及生存分析
- 从零开始转录组上游分析（hisat2+ stringtie）
- 转录组下游分析之：GSEA
GWAS笔记
- GWAS相关遗传学概念
- GWAS与eQTL
- major/minor/REF/ALT/risk/effect allele 概念解析
- 连锁不平衡LD
- 连锁不平衡回归LDSC
- 文章分享-Functional characterization of Alzheimer’s disease genetic variants in microglia
- 文章分享-Single-cell epigenomic analyses implicate candidate causal variants at inherited risk loci for Alzheimer’s and Parkinson’s diseases
- 文章分享-From GWAS to Function: Using Functional Genomics to Identify the Mechanisms Underlying Complex Diseases
其他
编程笔记
R语言笔记
base R
- R语言的向量化取最大/最小值
- R语言ifelse与switch语句
- R语言生成组合数combn()
- R语言递归执行同一个函数Reduce()
- R语言对因子水平快速排序reorder
- R语言对列表元素执行可变长参数函数do.call()
- R语言列举目录下所有的文件名
- base R的拼图函数
- base R的字符串常用函数
- R语言计时函数
tidy R
R包
python笔记
python基础笔记
- python函数定义中的*args 和 **kwarg
- python绘制两组分布的分布图
- python中的路径名生成os.path.join()
- python格式化字符串
- R语言和python函数对应表
- 一文搞懂python中import的相关用法
- python matplotlib调色盘
pandas笔记
- pandas Series的类型及相互转换
- pandas.concat()函数：连接DataFrame
- pandas中dataframe的groupby方法：分组处理
- pandas DataFrame和numpy array的操作
- pandas查看离散数据的分布情况：value_counts()
Pytorch笔记
- Pytorch笔记1-认识pytorch及其相关模块
- Pytorch笔记2-pytorch的数据集构建和相关操作
- Pytorch笔记3-自定义深度学习模型类
- Pytorch笔记4-损失函数和优化器
- Pytorch笔记5-在合适的device上训练模型
- Pytorch笔记6-训练过程试运行
- Pytorch笔记7-训练、验证、测试模型
- Pytorch笔记8-模型的保存和读取
- Pytorch笔记9-Pytorch工程的文件结构
其他
git笔记
其他技巧
路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
