软件安装很复杂

• 查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

  
  
  uname -a

• wget命令复制粘贴，windows系统输入wget后，鼠标点击右键-粘贴，后面会出现你要粘贴的链接，回车直接下载。在这里我复制的是miniconda清华软件的下载链接，因为我们现在是在linux系统上操作，所以用的版本是linux，而不是windows或其他的。如何粘贴：系统直接设置将选定的文本复制到粘贴板，所以选定一段文字之后，直接进行粘贴命令
  

  复制wget
  
  
  下载成功

• 安装软件命令。sh-脚本文件后缀，安装失败后，不需要重新下载，直接从安装步骤重新开始。
  dash 软件脚本，点击enter/输入yes...直到看到下图表示安装成功
  

  安装成功

• 激活软件。只需要输入source ~/.bashrc，后面不添加文件名

  
  
  
  
  激活成功

• 添加镜像（主网站的副本，加快下载速度）。
  添加代码：
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  conda config --set show_channel_urls yes

• 搜索服务器里软件列表。注：返回主目录再输入
  

  服务器所有软件列表

实操：安装好conda软件之后，下载fastqc软件

• conda中搜索软件。conda search 软件（fastqc：数据质控软件）

  
  
  image.png

• 安装该软件。conda install fastqc -y（ -y是yes，表示安装过程中的问题都回答yes）

  
  
  image.png

• 卸载软件 conda remove fastqc -y

生信操作实例：

注：主目录操作

1. 查看当前conda有哪些环境:conda info --envs
2. 处理转录组数据

• 建立名叫rnaseq的conda环境：conda create -n rna-seq python=3 - fastqc trimmomatic -y（下载fastqc、trimmomatic两个软件)
• 再次查看conda环境：conda info --envs ，多了一个rna-seq
• 激活新的conda环境：conda activate rna-seq
• 退出当前环境：conda deactivate