基本过程是设计完sgRNA后需要将sgRNA插入到载体序列中,这个时候就涉及到了插入哪个位点的问题。因为同学们手中可能有各种各样的载体,所以在这里确实没有办法给同学们设置自动化的程序,所以做一个半自动化吧。如导图所示,选择酶切位点后,在这个切割位点两端会有序列(即红色与蓝色部分所示),将这些序列分别放入到下方的④和⑤的位置(不需要反向互补,程序会自动替你做)。然后,是输入sgRNA序列,依然有两种方式:一个是直接放入序列(①),一个是将前一个模块设计的结果或者自己从其他渠道获得的sgRNAs(从其他渠道获得的sgRNA,在整理的时候,一个sgRNA一行,不需要fasta格式),放入②,然后在③设置保存位置并命名文件,之后点击design即可设计。输入结果包括酶切位点序列(即输入的那段),sgRNA序列,加上Tm值。在将结果输入后,同样的结果也会显示在⑥。
CIDP---为sgRNA/guide RNA设计引物
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