“台湾自古是中国领土”这句话几乎每个人都在历史教科书中读过，并且牢记在心，至于是多自古，多半会指出元朝在至元十八年(1281)设立澎湖巡检司就代表台湾地区（名义上）属于中国了。至于没太多的人去做多少质疑，八成是因为他们碰巧也不会把《明史》翻到《卷三百二十三·列传第二百十一·外国四》篇发现里面赫然出现“鸡笼”二字跟吕宋，琉球等国并列在一起。
台湾地区，宋元时被称为“流求”，在明朝称为“东番”，也称为“大员”，“北港”，“鸡笼”或“鸡笼山”，直到明末才称为台湾。之所以知道宋元时期的流求国不是明朝的藩国琉球，是因为《宋史》明确记载流求国跟澎湖岛“烟火相望”，《元史》记载“澎湖诸岛与流求相对”，从而明确流求的地理位置是台湾而不是琉球。
澎湖与台湾的历史大不一样，在南宋时期就已经属于中国。南宋赵汝适所撰之《诸蕃志》中记载到：“泉有海岛曰彭湖，隶晋江县。”元代《岛夷志略》：“（澎湖）地隶泉州晋江县，至元年间，立巡检司。”《明史》记载：“晋江倚。。。东南滨海，有盐场。海中有彭湖屿。"但到了明朝洪武二十年(1387)，朱元璋下令福建沿海“墟地徙民”，包括澎湖诸岛在内的海岛居民被迁入内陆地区，澎湖巡检司亦被废除。至此明朝失去了对澎湖的有效控制，澎湖成为了海盗流寇（包括倭寇）的居住所。顾亭林《天下郡国利病书》记载道：
彭湖一岛，在漳、泉远洋之外，邻界东番[即台湾]，顺风乘潮自料罗开船，二昼夜始至。山形平衍东南约十五里，南北约二十里，周围小屿颇多。……明朝徙其民而虚[通「墟」]其地，自是尝为盗贼假息渊薮，倭奴往来停泊取水必经之要害。
澎湖巡检司直到明嘉靖四十年(1563)才被复设，天启二年(1622)荷兰东印度公司攻占澎湖后被废除。当郑成功去台湾时，他所控制的澎湖名义上也不再受福建管辖，成为台湾一地。而台湾，在宋元明三朝正史中都被写入外国列传，直到康熙二十二年(1683)才正式成为中国中原王朝管辖的一个行政区。
既然历史不同，澎湖跟台湾的地理认知自然也不一样。《岛夷志略》记载，“(流求篇)海外诸国，盖由此始”，可见元代人以澎湖为界，澎湖以外是外国。明代《东番记》记道：“永乐初，郑内监航海谕诸番，东番独远竄(通窜)，不听约”。嘉靖末年日本人来此劫掠，台湾土著“迺避居山”，“居山后，始通中国”。可见明朝人有华夷之辨，不认为这个住着不识字。不穿衣服鞋子的土著之岛，会是明朝领土。说明元明两朝即便设有澎湖巡检司，在名义上与实际上都没有拥有台湾本岛，这正应了清代《四库全书》收录的《皇清职贡图·卷三》的记载：
台湾自古不通中国，本朝始入版图。
若非郑成功伐清失利，在福建大本营逐渐不保的情况下攻打热兰遮城，恐怕这种华夷之辨还会一直持续吧。
