重新排版 | windows下安装VituralBox以使用Linux系统分析数据

出发点

一直以来,别人找过来,说是要讨论生物信息讨论高通量测序,很抱歉,我从一开始就会亮出底牌,我是做生物的,不是做生信的

没错,我就是一个做生物的。既然是做生物的,我写了大多数东西的出发点就是,

我们做湿实验的也看得懂,能重复,可以出没有原则性错误的结果

既然如此,既然改变不了搞生信的一班子,无法让他们写windows下能运行的东西,那么我们只能让步,搞搞一些linux。想来想去,那就用最粗暴的方式,我们搞搞大家都能搞定的虚拟机 -- VirtualBox

目的

在windows下安装VirtualBox,

使用最友好最简单Linux运行班,Ubuntu

下载ubuntu系统安装文件

进入ubuntu官网,进入下载页面,点击Download

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跳转到新的页面,如果你愿意的话,那么可以捐助,一般直接点击“Not now...”,进入下载页面

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一般这种情况会弹出下载对话框,可以下载ubuntu-16.04.4-desktop-amd64.iso,如果没有,那么点击download now。并等待下载完成

于是我们得到了ubuntu-16.04.4-desktop-amd64.iso这个文件,后面可以用于创建虚拟机。

下载与安装VirtualBox

进入VirtualBox官网,进入下载页面

点击Windows hosts,下载对应VirtualBox安装包

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下载结束之后,双击图标安装

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一直下一步即可安装完成,

安装过程可能会影响当前机器的网络,应是在进行网络桥接

打开后界面如下

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创建一个新的虚拟机,进入专家模式,调整对应的参数,我们至少要保留4G的内存,不然就很麻烦

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点击创建,进入下一步,有必要的话,我们自定义一个虚拟机文件放置位置

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确定位置之后,我们给50Gb的硬盘空间,同时设置为固定大小这样运行起来会很快都要分析数据了,这点空间不算什么

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开始创建

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创建好了之后是这样的

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在VituralBox上安装Ubuntu系统

双击该虚拟机,会弹出选择启动盘

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随后选择之前下载的ubuntu-16.04.4-desktop-amd64.iso,并点击启动即可

注意

如果没有弹出这个选项,而是显示

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那么可能是因为之前取消过,那么就点击设备,选择分配光驱,点击选择虚拟盘

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此时在弹出电话框中,选择之前下载的 ubuntu-16.04.4-desktop-amd64.iso

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随后关闭关闭虚拟机,并双击重启即可进入Ubuntu安装界面

安装Ubuntu

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接下来的步骤,基本全部直接点击下一步即可

在时间区域,或许可以直接选择上海

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选择键盘

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设置一些有的没的信息

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然后就开始安装

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过程还是比较顺畅,没有发现什么问题

安装完成直接,会提示重启虚拟机的Ubuntu系统,进入之后可能看到提示,大概意思是,请移除系统安装介质的英文,那是因为刚才的光盘没有弹出,可能可以做以下操作

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随后重启虚拟机即可

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OK,就这样,安装完成

一些可选设置(可选),可以提高运行性能

默认会开启的虚拟化参数

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启动3D加速,如此图形化界面不会卡顿

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重新开启Ubuntu,输入密码,进入Ubuntu

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点击安装增强功能

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随后在Ubuntu里面会出现安装弹窗,选择Run

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等待安装完毕即可

如果失败,如下

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那么这个时间就回车

尝试更新一下系统,是否能行

在桌面上,鼠标邮件,重新打开命令行,

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输入sudo apt-get update,随后输入密码,回车

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类似的,输入sudo apt-get upgrade

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输入Y就可以了,等着升级完成

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如果直接重新点击安装增强功能,应该会失败

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那么可以弹出光盘尝试

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结果还是一样,考虑到提示,意思就是Until the system restart,那么就重新关闭这个虚拟机,重启一次Ubuntu即可

同样,输入登录密码,进入系统,重新选择安装增强功能

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从上图的提示可以看到,我们已经成功了

设置共享文件夹

毕竟我们是在windows下面操作的比较多,如何将windows下的文件,直接在虚拟机的Linux下使用,这个应是会直接影响我们的工作,所以需要设置一下共享文件夹

如此,先在windows下,创建一个目录

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随后回到虚拟机的Ubuntu窗口,点击共享文件夹 (PS: 顺便共享剪切板,双向)

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设置好选项

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随后在弹出的对话框中选择刚才我们创建的文件夹

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点击OK,确定添加,并点击OK,即可

随后在桌面,鼠标邮件,打开Terminal

依次输入以下命令


ls

cd Desktop

mkdir share

sudo mount -t vboxsf share share

分别是列出当前目录内容,进入Desktop这个文件夹,创建一个文件夹叫做share,挂载共享目录

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挂载完成,以后,凡是在share目录下的文件,无论是windows下,还是Linux下,都可以直接看到

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似乎保存不了,于是我直接重新在linux下创建了一个new.txt

随后黏贴文本,保存,直接在windows下打开

没问题。

设置开机自动挂载

以上操作,虚拟机重启之后,就会消失,所以我们需要设置下虚拟机中Ubuntu的开机自动挂载共享目录

切换到root用户,并编辑类似windows开机启动项的文件 rc.local


sudo -s 

nano /etc/rc.local

exit 0 的上一行添加以下命令,即为共享目录挂载命令


sudo mount -t vboxsf share /home/tbtools/Desktop/share

ctrl+X,随后摁键盘Y,表示确认保存

推送结束

嗯....这只是一个铺垫,

虽然我们要尽可能避免使用linux,但是很多时候还是没有办法

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