初入官场，从八品，任南平教谕（即学院院长兼教授），后业绩不错，知府查视，海瑞却不跪，因身旁有俩人跪着，因型给“山笔架”外号，海瑞因此辞职上书，同知直接同意，但知府不同意，不久，巡按大人来视察，海瑞又不跪，巡按恼火。后在福建浙江淳安做的支线，刚上任，便破了桩奇案。名声大振，大案小案，纷纷找他，两个十年的积案被海瑞轻易翻案，被称为海青天。
当时胡宗宪是严党，负责倭寇，因不苟言笑，业绩突出，成为严党大员，并成为封疆大员，称霸一方，无官敢惹，但其子为纨绔，去了海瑞的县城，因照顾不周，吊打站长，海瑞将其绑房梁上，谎称胡公子为假冒，没收其千两银充公，写信绑人送回，胡宗宪，有气量没发火。
鄢懋卿捐钱给严嵩做了干儿子，又要来官，做起了江南盐运使，搜刮民脂民膏，但喜欢做表面文章，接到接待通知的海瑞写出明确不欢迎。鄢又听说其为大钉子，便绕路而走，后鄢诬告海瑞，这时严嵩倒台，严党纷纷入狱，海瑞被以英雄勇斗严党的模范被人们传颂。
这是器重海瑞的人升官，海瑞被提携升了两级官。任云南司主事，认真查看卷宗后，发现官场黑暗，而一切的根源在皇帝，嘉靖是在表亲死后没有儿子，才做了皇帝，内心自卑，喜欢和官员斗，谁听话就喜欢谁，导致大家都不敢直谏，海瑞便买了个便宜棺材，将毕生所得20两银子交与朋友，托付给他亲人，之后告诉了家人，妻哭母夸，海瑞拿着《直言天下第一疏》，上面写着皇帝对己不负责，对儿子不负责，对妻子不负责，对朝廷不负责，对天下不负责，皇帝看完极为生气，要捉海瑞，但认为海为反领导的代表，便等待与海瑞接头的“反领导集团”，这是何以尚为海瑞求情，皇帝便都捉了起来，徐阶说，若杀则成其名，不杀则成君名。就这样置之入狱而不管，直到监狱长送海瑞饭，吃过后，监狱长道出皇帝已死，海瑞哭晕吐饭，后徐阶下遗诏（指对皇帝所做的事总结，拨乱反正）释放海瑞，高拱因徐阶作遗诏时未邀请自己，而对徐阶有意见，后言官弹劾高拱，海瑞也骂高拱，高拱退回老家，但徐阶年岁大，不久就内退，高拱复职，之后，江南税和流民问题比较大，派海瑞任统率十府长官。期间海瑞解决了徐阶纵容子弟的问题。海瑞上任的消息传到江南，众官怕被查处，纷纷辞职，海瑞却未管官员径直去疏通河道，采用以工代赈（因为众官信服，杀两个千户，实际上杀了两个动物，藏起了千户，使众官不敢推诿责任），不到两个月根治水患，海瑞鼓动老百姓告状，加上知府的帮助，将徐阶三个儿子中两个儿子入狱，发配，40亩退出20亩，3万多人被遣散，徐阶报复，高拱反水，百官弹劾，说海瑞勾结倭寇，后被免职，次年回乡，百姓皆出门相送，海瑞年年写信辅助当地官员办理事务，实权人物张居正儿子考试，海瑞劝主考官不可寻私舞弊。万历在张居正死后启用海瑞，海瑞到任前就颁布法令，不得豪华接站，之前的罪不追究，之后不可犯。有一个富官接站，被杖20！海瑞看到兵马司为黑势力做后台，使商不敢做生意，便下台相关官员，一举端黑势力，后为皇帝上奏，像明太祖学习恢复刑法，当时有个主管江南13府的贪官怕被查先栽赃海瑞，万历看不惯海瑞就偏袒贪官，知识分子写文章骂万利，组织东林党为海瑞鸣不平，海瑞辞职，万历却不同意，后因病去世，床上铺着最便宜的布，家具是旧的，下葬的钱都是同事捐的，遗言是将多出的7钱取暖费还给政府，人民百里长江送路送，到滨涯村，抬棺棍断了。这地方青松翠柏，绿色环绕，大家认为海瑞在自己选墓，便在此下葬。
