柴胡味微苦，性平，秉承春天少阳生发之气。柴胡的少阳之气对应的季节为春天，五行中属木，所以柴胡是治疗足少阳经病症的主药，并且少阳经与厥阴经同为“半表半里”，所以柴胡又可以兼治足厥阴经的病症。
肝气不舒者，柴胡可以疏肝解郁；胆火炽盛者，柴胡可以散之；少阳经有外感邪气者，柴胡又可帮助少阳之经气机枢转而降邪气从膈上透发出去。所以《神农本草经》中说柴胡可治疗寒热往来，寒热往来的原因就是少阳之经存在外感之邪。
且《神农本草经》中还说柴胡可以治疗心腹肠胃中之结气、饮食积聚，这用的是五行的原理，柴胡于五行中属木，而脾胃又属土，木能够疏松土，柴胡善于条达少阳之木气，少阳木气通畅，自然可以疏通脾土的食气之郁，所以肠胃中的饮食积聚和结气都可以自己消化。
《神农本草经》记载柴胡主治寒热往来，而山茱萸也可以治疗寒热往来。柴胡所治疗的寒热往来，是少阳经有外感邪气，就像是伤寒疟疾的寒热往来，所以宜用柴胡和解少阳；山萸肉所治疗的寒热往来，是厥阴肝经内伤之病引起的寒热往来，这是肝脏虚到一定程度引起的忽冷忽热、汗出、正气将脱之证，所以此时需要用山萸肉的酸收之性收敛。
二证虽然都会出现寒热往来，但是其病因病机完全相反，临床上治病是一定要注意区分，用药一定要谨慎，不能用错。
张锡纯回忆起在甲戌年，有个当地商人，患病出现寒热往来，一阵发热，一阵发冷，请来的医生不知道这是肝虚引起的往来寒热，以为是少阳伤寒证，于是就用柴胡、枳实等药物治疗。服药大概半个小时之后，这位病人忽然开始全身颤抖不止，心中怔忡烦乱。这时候赶紧请张锡纯来治疗，张锡纯为其诊脉，病人手抖到不能正常摸脉。
病人的家属问张锡纯，为什么会到这种程度？张锡纯也毫不客气的说，这是吃错了药引起的。于是张锡纯向家属要来了方子一看，说道，这是肝阴素虚引起的。前面的医生还用柴胡、枳实等劫肝阴散肝气等药物，岂能不招来祸患。这时候张锡纯想起老师的话，赶紧用生山萸肉一两，煎汤送服朱砂细粉末五分，患者立马就安稳下来了。
