一、软件安装
A. conda
1.安装miniconda
miniconda官网：
#下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
vi .bashrc 查看PATH
source .bashrc
2.miniconda添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
3.conda搜索和安装
conda search
conda install
B. SRA Toolkit
网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
作用：将下载的SRA格式的测序结果转换成fastq格式，便于下一步的测序数据质控
安装 conda install sra-tools
或者
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
# 解压并将解压后的文件剪切到biosoft目录下
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz && mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
# vim编辑器直接编辑~/.bashrc文件，将该软件加入环境变量中，可以全局运行
vim ~/.bashrc
# 在文件最后增加如下内容
PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
# 更新
$ source ~/.bashrc
# 尝试运行软件，出现帮助信息，就说明成功安装
$ fastq-dump -h
C. Fastqc
作用：可视化测序结果质量的软件（在安装之前需要检测一下Java环境）
1.检查JAVA环境
# 看是否安装了Java
java -version
# 若不存在，则进行安装，但是Java的版本要适合
sudo apt-get install openjdk-8-jdk 或者conda install jdk
2.安装fastqc
conda install fastqc
D. HISAT2
作用：将RNA-Seq的结果比对到基因组
conda install hisat2
E. HTSeq
作用：用来计数多种mapping软件输出文件reads
conda install htseq
F. SAMtools
作用：生成存放高通量测序比对结果及其他转换格式，融合文件
conda install samtools
G. R
作用：统计分析
conda install r
H. Rstudio
conda install rstudio
